サンプルのグループ全体にわたる微分アノテーションにおけるクロマチン状態アノテーションの要約のためのフレームワーク【JST・京大機械翻訳】

Vu, H. T.; Koch, Z.; Fiziev, P.; Ernst, J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202214808765947 整理番号：22P0347783

サンプルのグループ全体にわたる微分アノテーションにおけるクロマチン状態アノテーションの要約のためのフレームワーク【JST・京大機械翻訳】

A framework for summarizing chromatin state annotations within and identifying differential annotations across groups of samples

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発行年： 2022年05月08日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年05月08日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

後成的修飾のモチベーションワイドマップは,非コードゲノムアノテーションのための強力な資源である。多重エピジェネティクスマークのマップは,多くの細胞または組織型に対する細胞または組織型特異的クロマチン状態アノテーションに統合されている。生物学的に類似のサンプルに対する多重クロマチン状態マップのアベイラビリティの増大により,試料のグループ内のクロマチン状態アノテーションに関する情報を効果的に要約する方法の必要性があり,高分解能で試料のグループ間の差異を同定する必要がある。【結果】著者らは,サンプルグループのための入力クロマチン状態アノテーションとして取り入れたCSREPを開発し,次に各ゲノム位置の状態を確率的に推定し,グループに対する代表的なクロマチン状態マップを誘導した。CSREPは,他のすべてのサンプルから状態マップを与える各サンプルのクロマチン状態割り当てを予測するために,マルチクラスロジスティック回帰分類器の集合を使用する。2群に対するCSREP確率割当ての差異は,異なるクロマチン状態パターンを有するゲノム位置の同定に使用できる。多様な細胞及び組織型のクロマチン状態マップのグループを用いて,クロマチン状態マップを要約し,高分解能でグループ間の生物学的に関連する相違を同定するためにCSREPを用いることの利点を示した。アベイラビリティと実装は,CSREPソースコードをhttp://github.com/ernstlab/csrepの下でオープンに利用可能である。接触:jason.ernst@ucla.edu.【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 分子・遺伝情報処理

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