CF-Seq,嚢胞性線維症病原体RNA配列決定研究の迅速再分析のためのアクセス可能なWebアプリケーション【JST・京大機械翻訳】

Neff, S. L.; Hampton, T. H.; Puerner, C.; Cengher, L.; Doing, G.; Lee, A. J.; Koeppen, K.; Cheung, A. L.; Hogan, D. A.; Cramer, R. A.; Stanton, B. A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202214876476406 整理番号：22P0317409

CF-Seq,嚢胞性線維症病原体RNA配列決定研究の迅速再分析のためのアクセス可能なWebアプリケーション【JST・京大機械翻訳】

CF-Seq, An Accessible Web Application for Rapid Re-Analysis of Cystic Fibrosis Pathogen RNA Sequencing Studies

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著者 (11件)： , , , , , , , , , ,
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発行年： 2022年03月07日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月07日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

嚢胞性線維症(CF)病原体を研究する研究者は,遺伝子発現オムニバス(GEO)で利用可能な多数のRNA-seqデータセットを作出している。これらの研究は公的に利用可能であるが,同様の研究を比較し,研究内の遺伝子発現パターンを可視化し,新しい実験仮説を生成するために公表データを使用するために,実質的な計算専門知識とマニュアル努力が必要である。さらに,菌株,処理,または培地などのドメイン関連属性による利用可能な研究や,特定の遺伝子が研究を通して様々な実験条件に応答するかを評価するための研究者にとって,利用できる研究は困難である。データ再解析に対するこれらの障壁を減らすために,著者らは,CF-Seqと呼ばれるR Shinyアプリケーションを開発し,それは,147の研究のコンペンディウムと,13の臨床的に適切なCF病原体からの1,446の個々のサンプルで働いている。応用は,ユーザが実験因子による研究をフィルタリングし,ボタンのクリックで複雑な差次的遺伝子発現解析を見ることを可能にする。ここでは,応用が新しい仮説生成のための有用で効率的なツールであることを実証する一連の使用事例を提示した。(CFSeq:http://scangeo.dartmouth.edu/CFSeq/)。【JST・京大機械翻訳】

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微生物感染の生理と病原性 , 遺伝子発現

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