DNAベースデータからの豊度情報の抽出【JST・京大機械翻訳】

Luo, M.; Ji, Y.; Warton, D.; Yu, D. W.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202214961495754 整理番号：22P0031840

DNAベースデータからの豊度情報の抽出【JST・京大機械翻訳】

Extracting abundance information from DNA-based data

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発行年： 2022年07月31日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年07月31日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

DNAベースのデータ(メタバーコーディング,メタゲノム)からの種豊度情報の正確な抽出は,食事分析と食物網再構成,種相互作用の推論,個体群動態と種分布のモデル化,環境状態と変化のバイオモニタリング,および偽陽性と陰性の推論に役立つ。しかし,サンプリングと処理におけるバイアスとノイズの多重源は,DNAベースのデータセットに誤差を注入する。ここでは,サンプリングバイアスとノイズが生態学的文献で広く対処されるので,DNAベースのデータを生成する実験室と生物情報学プロセスに焦点を当てた。豊度情報を抽出するためには,2つの概念を識別するのに有用である。(1)試料内種定量は1試料内の相対種豊度を記述する。(2)種内定量は,時系列,環境勾配,または実験処理において,各個々の種の豊度がサンプルから試料までどのように変化するかを記述する。最初に,筆者らは,(1)種パイプラインバイアスを呼び出すこと,および(2)種内豊度情報(何がパイプラインノイズを呼び出すかを除去することにより達成される)を回復させる方法に関する文献をレビューした。著者らは,多くの生態学的疑問が種内定量のみを抽出することにより答えられること,従って,パイプラインノイズを補正し,種内豊度情報を回復するためにDNAスパイクインを使用する方法を示す。また,パイプライン雑音を近似的に推定し補正するために,物理的スパイクなしでデータセットに採用できるモデルベース推定器を導入した。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝学研究法

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