遺伝子導入の存在におけるオルソロジーとパラロジー制約の一貫性【JST・京大機械翻訳】

Jones Mark; Lafond Manuel; Scornavacca Celine

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202215091038740 整理番号：21P0004252

遺伝子導入の存在におけるオルソロジーとパラロジー制約の一貫性【JST・京大機械翻訳】

Consistency of orthology and paralogy constraints in the presence of gene transfers

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発行年： 2017年05月02日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月15日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

オルソロジーとパラロジー関係は,遺伝子類似性に基づく方法によってしばしば推論され,通常,遺伝子対間の関係を表すグラフを与える。このような関係グラフは,表現されたオーソログ/パラログを含む遺伝子ツリーを介して説明できず,種木Sと整合するので,しばしば誤りを含むことが知られている。種木との不整合による誤差検出のこのアイデアは,スペシエーションと重複事象のみの存在下で主に研究されている。本研究では,進化モデルにおける側方遺伝子移動を許すならば,与えられた関係セットは一貫性のあることを示した。この疑問を定式化し,基礎となる問題に関する多様なアルゴリズム結果を提供した。すなわち,関係グラフRが与えられた種ネットワークNと整合するかどうかの決定はNP困難であり,それはパラメータ「最小移動数」の下でW[1]困難であることを示した。しかし,Rに関連するDSツリーの程度に基づくFPTアルゴリズムを提案した。また,種木上の移動高速道路が未知である場合の類似問題を研究した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 進化論一般

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