エクストラベースヒット:瞬間的多重ヌクレオチド変化のための広範な経験的支援【JST・京大機械翻訳】

Lucaci, A. G.; Wisotsky, S. R.; Shank, S. D.; Weaver, S.; Kosakovsky Pond, S. L.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202215240345588 整理番号：22P0234748

エクストラベースヒット:瞬間的多重ヌクレオチド変化のための広範な経験的支援【JST・京大機械翻訳】

Extra base hits: widespread empirical support for instantaneous multiple-nucleotide changes

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発行年： 2020年05月15日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年05月15日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

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コドンにおいて1つ以上のヌクレオチドを瞬時に変化させる置換を可能にする進化モデルを導入する多くの試みにもかかわらず,そのような変化は稀であり,一般的に無視しうる(または配列誤差のような非生物学的アーチファクトの反映),コドンモデルは単一ヌクレオチド変化だけが非ゼロ速度を有することを継続する。著者らは,1ヌクレオチド(1H),1および2ヌクレオチド(2H)または任意の(3H)コドン置換に対する非ゼロ進化速度を有するコドン置換モデルの簡単な階層を開発し,試験する。35,000の経験的アラインメントを用いて,多重ヒットに対する広範な統計的サポートを見出し,アラインメントの58%は2H許容モデル,および22%は3Hを可能にした。模擬データの解析は,これらの結果がモデル誤分類やアラインメント誤差のような単純なアーチファクトによるものではないことを示唆した。さらなるモデリングは,特に短枝に沿ったセリンをコードするコドン間の同義コドン島ジャンプが,この3Hシグナルに著しく寄与することを明らかにした。セリンコドンは多重ヒット置換に顕著に関与するが,より良いモデル適合に寄与する他の共通交換があった。殆どのアラインメントにおけるサイトの小さいサブセットは,既存のモデル形式によってよく説明されない異常な進化動力学を持ち,dN/dS比のような一般に推定された量は,モデル誤指定によって偏る可能性がある。著者らの知見は,作業員の進化モデルおよびその後の進化推論技術の基礎となる仮定の継続的な評価の必要性を強調する。HyPhyパッケージにおけるデータにおける余分なベースヒットの潜在的影響を評価するための進化生物学者のためのソフトウェア実装を提供した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

進化論一般 , 遺伝子の構造と化学

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