CellDrift:時間的にサンプリングされた単一細胞データにおける摂動応答の推測【JST・京大機械翻訳】

Jin, K.; Schnell, D.; Li, G.; Salomonis, N.; Prasath, S.; Szczesniak, R.; Aronow, B. J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202215355536905 整理番号：22P0334481

CellDrift:時間的にサンプリングされた単一細胞データにおける摂動応答の推測【JST・京大機械翻訳】

CellDrift: Inferring Perturbation Responses in Temporally-Sampled Single Cell Data

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発行年： 2022年04月14日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月14日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

細胞および組織は遺伝子発現の変化に敏感に反映できる複数の方法で摂動に応答する。時間にわたる細胞レベル応答に対する摂動の影響を発見および定量化するための現在のアプローチは,同定可能な遺伝子プログラムの時間的一貫性を無視した。摂動解析に対するこれらのパターンの発生を活用するために,摂動に応答して様々な細胞型の共変動時間パターンを同定することができる一般化線形モデルベースの機能的データ解析法であるCellDrift(https://github.com/KANG BIOINFO/CellDrift)を開発した。いくつかの他のアプローチと比較して,CellDriftは,時間的に変動する摂動パターンの同定において優れた性能を示し,欠測時間ポイントを補完する能力を示した。COVID-19疾患進行と胃腸管発生を含む複数の縦データセットにCellDriftを適用し,連続した生物学的過程,軌跡,および転帰に関連する特異的遺伝子プログラムを同定する能力を実証した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 分子・遺伝情報処理

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