マップ-テネ捕獲(MapCap)配列決定ワークフローを用いた実験動物からのトランスジェニック配列の位置決定と計数のためのプロトコル  結果の手順と応用【JST・京大機械翻訳】

Dicke, S. S.; Rubinstein, D.; Speers, J.; Berres, M.; Pavelec, D.; Schueler, K.; Stapleton, D.; Simonett, S.; Keller, M.; Attie, A.; Zanni, M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202215390606029 整理番号：22P0312472

マップ-テネ捕獲(MapCap)配列決定ワークフローを用いた実験動物からのトランスジェニック配列の位置決定と計数のためのプロトコル結果の手順と応用【JST・京大機械翻訳】

A protocol for locating and counting transgenic sequences from laboratory animals using a map-then-capture (MapCap) sequencing workflow: procedure and application of results.

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発行年： 2022年01月19日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月19日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ヒト疾患に対するトランスジェニック齧歯類モデルは過去50年間にわたって広く使用されており,多くの生物医学的研究プログラムの主流である。しばしばDNAのトランスジェニックセグメントの配列は注意深く設計されているが,このDNAの宿主ゲノムへの取り込みはよく理解されていない。構造変化と挿入変異誘発は,トランスジェニック挿入部位で生じる可能性がある。ここでは,ヒトアミリン誘導II型糖尿病に対するマウスモデルへの大きなトランスジェニック挿入の開始と末端部位の同定に成功した,選択的Illumina配列決定と続く遺伝子座のCas9仲介標的DNA濃縮を介した導入遺伝子座の同定を含む頑健なワークフローを示した。豊富な配列はOxfordナノポア配列決定によりマッピングされた。挿入は単一マッピングされた遺伝配列には長すぎるが,その方法は動物モデルに関連する複数の洞察,すなわち,挿入部位内の反転点の特性化と同様に,前方および逆向きの転写物コピーの最小数を提供した。マウスとヒトDNAの両方を含む挿入開始点を用いて,ホモ接合動物からのトランスジェニック挿入のための動物半接合体を同定し,分離した。この同定は,成熟前の齧歯類のライフサイクル(すなわち,繁殖年齢)で早期に実行でき,コロニー表現型の管理を可能にし,その後,(アミリン誘発II型糖尿病の発症)後の「表現型による遺伝子型」の必要性を排除することは,このモデルの8~10週齢までは起こらなかった。さらに,このホモ接合性糖尿病マウスは,他の研究室で確立されたコロニーと同じように機能し,完全な抗体および蛍光染色プロトコル(SIで利用可能)を示した。最後に,著者らの遺伝子型決定により,新規動物が我々のコロニー:非糖尿病ホモ接合マウス内で同定された。実際,コロニーで飼育したホモ接合マウスの37%のみが糖尿病になった。目的:AUTHOR SUMMARY(広い聴衆国)性げっ歯類モデルは,ヒト疾患を研究するのに重要である。新しいげっ歯類モデルを作成するとき,1つは良く特性化された背景ゲノムに新しいDNAを挿入するかもしれない。しかし,新しいDNAが取り込まれた場合,多くの時間がどのように取り込まれたか,または,自然DNA内のコード配列または調節要素が破壊された場合,しばしば知られていない。ここでは,トランスジェニック動物を特性化する方法を開発し,ヒトアミリン誘導II型糖尿病を研究するための一般的なモデルに応用した。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子操作

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マップ-テネ捕獲(MapCap)配列決定ワークフローを用いた実験動物からのトランスジェニック配列の位置決定と計数のためのプロトコル 結果の手順と応用【JST・京大機械翻訳】

マップ-テネ捕獲(MapCap)配列決定ワークフローを用いた実験動物からのトランスジェニック配列の位置決定と計数のためのプロトコル結果の手順と応用【JST・京大機械翻訳】