太平洋生物科学とOxfordナノ細孔上の個々のバーコードcDNAの配列決定はプラットフォーム特異的エラーパターンを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Mikheenko, A.; Prjibelski, A. D.; Joglekar, A.; Tilgner, H. U.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202215592967341 整理番号：22P0312591

太平洋生物科学とOxfordナノ細孔上の個々のバーコードcDNAの配列決定はプラットフォーム特異的エラーパターンを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Sequencing of individual barcoded cDNAs on Pacific Biosciences and Oxford Nanopore reveals platform-specific error patterns

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発行年： 2022年01月20日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月20日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

長読トランスクリプトミクスは技術に固有の誤差源の理解を必要とする。現在のアプローチは個々のRNA分子に対する方法を比較できない。ここでは,太平洋バイオサイエンスとOxfordナノポアの両方に対する個々のRNA分子を表す配列cDNAコピーにバーコーディング戦略と長読配列を組み合わせた新しいプラットフォーム比較法を示した。配列含量とスプライシング構造に関して,これらの長い読取対を比較した。個々の読取対は高い類似性を示すが,(i)配列長,(ii)TSSおよび(iii)ポリA部位帰属および(iv)エキソン-イントロン構造の違いを見出した。読取対の全体の25%は,TSS,ポリA部位,またはスプライス部位のいずれかに分解した。イントロン鎖不一致は,典型的にはマイクロエキソンと複雑なスプライスサイトのアラインメント誤差から生じる。著者らの単一分子技術比較は,不一致が,特に下流GTNNGTドナーモチーフに対して,配列誤差誘起不正確なONTアラインメントによってしばしば引き起こされることを明らかにした。しかし,ONTにおけるNAGNAG受容体におけるアノテーション-分離上流シフトは,PacBioによってしばしば確認され,従って,おそらく現実である。バーコードおよび非バーコードONT読取りにおいて,著者らは,他のGT/AGのイントロン数および近接性が,読取品質単独よりもアノテーションとの不一致をより良く予測することを見出した。ONT読取によるその後の転写構築を改善するスプライスアラインメント補正のためのアノテーションベースアルゴリズムにおけるこれらの知見を要約した。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現 , 遺伝学研究法

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