STRIDE:単一細胞RNA配列決定を用いた空間トランスクリプトミクスを正確に分解し統合する【JST・京大機械翻訳】

Sun, D.; Liu, Z.; Li, T.; Wu, Q.; Wang, C.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202215953247705 整理番号：21P0265981

STRIDE:単一細胞RNA配列決定を用いた空間トランスクリプトミクスを正確に分解し統合する【JST・京大機械翻訳】

STRIDE: accurately decomposing and integrating spatial transcriptomics using single-cell RNA sequencing

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発行年： 2022年03月14日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月14日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

空間トランスクリプトミクスにおける最近の進歩は,空間的状況における細胞不均一性を理解するための前例のない機会をもたらした。しかし,空間技術の現在の限界は,単一細胞レベルでの細胞局在性と相互作用の調査を妨げる。ここでは,単一細胞トランスクリプトミクスから訓練されたトピックプロファイルをレバーグすることにより,空間混合物から細胞型を分解するための計算手法である,トピックモデリング(STRIDE)による空間トランスクリプトミクスデコンボリューションを提示する。STRIDEは,細胞タイプ比率を正確に推定し,既存の方法と比較して,バランスした特異性と感度を示した。異なる空間プラットフォームと生物システムに適用することにより,STRIDEの有用性を実証した。STRIDEによるデコンボリューションは,希少細胞タイプを空間位置にマッピングするだけでなく,空間局在遺伝子およびドメインの同定も改善した。さらに,STRIDEにより発見されたトピックスは細胞型特異的機能と関連し,連続切片を統合し,組織の3次元構造を再構築するためにさらに使用できた。まとめると,STRIDEは,空間的および単一細胞トランスクリプトミクスの統合分析のための多目的で拡張可能なツールであり,https://github.com/wanglabtongji/STRIDEで公開されている。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現

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