SexFindR:若いおよび古い性染色体を同定するための計算ワークフロー【JST・京大機械翻訳】

Grayson, P.; Wright, A.; Garroway, C. J.; Docker, M. F.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202216293728787 整理番号：22P0316009

SexFindR:若いおよび古い性染色体を同定するための計算ワークフロー【JST・京大機械翻訳】

SexFindR: A computational workflow to identify young and old sex chromosomes

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発行年： 2022年02月22日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月22日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

性染色体は,生命の木全体にわたって頻繁に進化し,それらのユニークな進化軌跡により数十年間,受精の源であった。それらは生物学的過程の幅広いスペクトルにおける重要な駆動者であると仮定され,進化理論の豊富な体の焦点である。全ゲノム配列決定は,進化的ライフサイクルの全スペクトルにわたって独立して進化した性染色体間のコントラストを通して,これらの理論をテストするための刺激的な機会を提供する。しかし,性染色体の同定,特に新生のものは,しばしば方法論の特異的組合せを必要とする。これは,分野における進展に対する主要な障壁であり,異なるアプローチを適用する研究間の矛盾をもたらす。現在,単一パイプラインは,すべての年齢と配列分岐のレベルで性染色体を同定するために,統計的フレームワークにおいてこれらの方法を通してデータを統合するために存在しなかった。これに取り組むために,性結合配列の同定におけるロバスト性と透明性を改善するための包括的なワークフローであるSexFindRを提示した。著者らは,性染色体分岐の連続体に広がる5つの種からの公的に利用可能なデータを用いて,性を決定する単一SNPのみを有する同型性染色体から,広範な変性を伴う異形性染色体まで,著者らのアプローチを検証した。次に,SexFindRを,その性決定システムが何十年かの研究にもかかわらず,その性決定系が残されている無顎脊椎動物である海ヤツメウナギの大規模集団ゲノムデータセットに適用した。海洋ヤツメウナギはその体細胞ゲノムにおいて性結合配列を持たないことを決定的に示し,性が環境的に,または生殖系列ゲノム内で決定される可能性を開く。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子の構造と化学 , 進化論一般

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