標的配列上のk-mer距離を用いたAnopheles 蚊の高解像度種割当【JST・京大機械翻訳】

Bodde, M.; Makunin, A.; Ayala, D.; Bouafou, L.; Diabate, A.; Ekpo, U. F.; Kientega, M.; Le Goff, G.; Makanga, B. K.; Ngangue, M. F.; Omitola, O. O.; Rahola, N.; Tripet, F.; Durbin, R.; Lawniczak, M. K. N.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202216563335936 整理番号：22P0318560

標的配列上のk-mer距離を用いたAnopheles 蚊の高解像度種割当【JST・京大機械翻訳】

High resolution species assignment of Anopheles mosquitoes using k-mer distances on targeted sequences

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発行年： 2022年03月20日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月20日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ANOSPPアンプリコンパネルは,Anopheles種の多様性の大規模モニタリングを容易にするための属全体の標的配列パネルである。ANOSPPパネルに存在する62の核アンプリコンからの情報の組み合わせは,透過性種境界の見地で望ましい単一遺伝子(例えばCOI)バーコーディングよりも,より多くの栄養種帰属を可能にする。ここでは,NNoVAE,最近傍(NN)および変分Autoencoder(VAE)を用いた方法を示し,これは,種同一性を階層的に割り当てるために,ANOSPPアンプリコン配列から生じるkマーに適用した。NNステップは,各ハプロタイプアンプリコン配列から参照データベースに起こるk-merを比較することによって,種グループにサンプルを割り当てる。VAEステップは近縁種を識別するのに必要であり,また,種内の個体群構造を明らかにするために十分な分解能を持つ。80%以上のアンプリコン被覆を有する独立した試料の試験において,NNoVAEは,An.gambiae複合体内の試料の98%と複合体外の試料の89%に正しく分類する。NNoVAEをBurkina FasoとGabonの2千以上の新しい試料に適用し,Gabonの予想外の種を同定した。NNoVAEは,他の標的配列パネルに価値があり,大規模で空間と時間を通してAnopheles種の多様性とPlasmodiumの伝染パターンの調査に用いる方法であり,次の5年間,半百万の蚊を分析する計画で,大規模で,空間と時間を通して,Anopheles種の多様性とPlasmodiumの伝染パターンを調査する方法である。【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理

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