ペル遺伝子座置換率のサポートは種ネットワークの精度を改善し,スプリアスな網状化を避ける【JST・京大機械翻訳】

Cao, Z.; Ogilvie, H.; Nakhleh, L.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202216726803100 整理番号：22P0312519

ペル遺伝子座置換率のサポートは種ネットワークの精度を改善し,スプリアスな網状化を避ける【JST・京大機械翻訳】

Supporting per-locus substitution rates improves the accuracy of species networks and avoids spurious reticulations

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発行年： 2022年01月18日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月18日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

網状化(種ネットワーク)による種系統発生を推論する統計的方法の開発は,異なる種間の遺伝子流動の多くの発見をもたらした。しかし,種ネットワークの次元は固定されないので,これらの方法は,真の値を超える次元の数を増加させることにより,すべてのゲノム遺伝子座に対する単一置換率を仮定するような,モデル誤指定の種類を補償できる。ポピュラーな完全Bayes種ネットワーク法MCMC_SEQは,以前にこの仮定を作り,その精度を高め,偽結果を避けるため,1座当たりの証明済みDirichletモデルに対するサポートを追加した。Heliconiusバターからのシミュレーションおよび経験的データセットを用いてこのモデルの影響を調べた。完全なBayes法が使用されるとき,単一置換率を適用すると,擬似および経験的データセットにおける偽の網状化の推論を導くが,要約方法InferNetwork_MLは,遺伝子ツリー枝長を無視するためにセットするとき,置換率の1座ごとの変動に対してロバストである。このモデルの実装は,この誤仕様を解決し,真の種ネットワークに収束するのに成功した。それはまた,単一率または遺伝子樹木の独立した推論を仮定するより,はるかに正確な遺伝子樹木を推論する。Dirichlet per-遺伝子座速度モデルの実施は,GitHub https://github.com/NakhlehLab/PhyloNetの系統発生的推論,オープンソースのためのソフトウェアパッケージであるPhyloNetにおいて現在利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

進化論一般 , 遺伝子の構造と化学 , 分子・遺伝情報処理 , 遺伝的変異 , 計算機シミュレーション

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