新しい長鎖RNA-seq解析アプローチは非常に大きな遺伝子の新しい転写物を同定し定量化する【JST・京大機械翻訳】

Uapinyoying, P. B.; Goecks, J.; Knoblach, S.; Panchapakesan, K.; Bonnemann, C.; Partridge, T.; Jaiswal, J.; Hoffman, E.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202216758368308 整理番号：22P0222506

新しい長鎖RNA-seq解析アプローチは非常に大きな遺伝子の新しい転写物を同定し定量化する【JST・京大機械翻訳】

A new long-read RNA-seq analysis approach identifies and quantifies novel transcripts of very large genes

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発行年： 2020年01月09日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年01月09日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

RNA-seqは遺伝子発現の研究に広く用いられているが,通常用いられる配列決定プラットフォームは,読取り当たり2つのエキソン接合までのみに及ぶ短い読取りを生成する。これは,転写物内のエキソンの構成と位相を正確に決定することが困難である。長リード配列決定はこの問題を改善するが,正確な定量はできず,差次的発現研究に対する有用性を制限する。筋肉における大きな反復構造遺伝子のオルタナティブスプライシングを比較するために,新規解析アプローチと組み合わせた長読取イソ型配列決定を用いた。心臓筋における培地(Nrap-5kb),大(ネブリン-22kb)および超大型(チチン-106kb)転写物を産生する筋肉構造遺伝子の解析,および迅速かつ遅い骨格筋は,これらの遍在性筋肉遺伝子の各々に対して非注釈エキソンを同定した。これはまた,異なる筋肉タイプ間のこれらの遺伝子に対する差次的エキソン利用と位相を同定した。既知の注釈に同相転写物構造をマッピングすることにより,以前に注釈されていない転写物を同定し,定量化した。結果をエンドポイントPCRとサンガー配列決定により確認し,これらの新規転写物の筋肉型特異的差次的発現を明らかにした。著者らのアプローチによって実証された改善された転写産物同定と定量は,超長転写物の定量的差次的発現を目的とした研究に対する以前の障害を除去する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 遺伝子発現

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