第一胃マイクロバイオームのハイスループット処理のための低コスト試料保存法【JST・京大機械翻訳】

Budel, J. C. C.; Hess, M. K.; Bilton, T. P.; Henry, H.; Dodds, K. G.; Janssen, P. H.; McEwan, J. C.; Rowe, S. J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202216918789569 整理番号：22P0315019

第一胃マイクロバイオームのハイスループット処理のための低コスト試料保存法【JST・京大機械翻訳】

Low-cost sample preservation methods for high-throughput processing of rumen microbiomes

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発行年： 2022年02月11日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月11日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

【背景】メタン放出を予測するルーメン微生物群(RMC)プロフィールの使用は,RMCプロファイリングのためのDNA品質を維持または改善しながら,安価に処理できる反芻胃DNA保存および抽出プロトコルにおいて興味を引いている。Global Rumen Census(GRC)で定義される第一胃試料の保存のための標準アプローチは,国際輸送とDNA抽出の前に凍結乾燥と粉砕の時間のかかる前処理段階を必要とする。これは研究者が十分な資金調達やインフラストラクチャをアクセスできない。これらの前処理段階を回避するため,既存の溶解緩衝液Tris-NaCl-EDTA-SDS(TNx2)および塩酸グアニジン(GHx2)または100%エタノールに基づく,その後のDNA抽出のための第一胃試料の保存の3つの方法を検討した。【結果】Rumen検体を,2週離れた2つの時点で151匹のヒツジから胃挿管を通して採取した。各試料を4つのサブサンプルに分離し,3つの保存法とGRC法(n=4x302)を用いて保存した。DNAを抽出し,RMCプロファイルを生成するために,制限酵素誘導表現配列を用いて配列決定した。DNA収率,品質および完全性,および配列決定メトリックスにおける差異を,方法(p0.99)にわたって観察したが,GRC法と比較してわずかに変化した。相対豊度は,時間点内で集めた試料の方法間で中程度から高度に相関(0.68{+/-}0.13)であり,保存法内の時間点間の平均相関(0.17{+/-}0.11)より大きかった。【結論】本研究で提案した2つの改良溶解緩衝液(TNx2とGHx2)は,ヒツジにおけるRMCプロファイリングのためのGRC法に対する実行可能な代替法であることが示された。これらの保存料溶液の使用は,コストを低減し,処理および配列決定ルーメン試料に関連するスループットを改善する。この開発は,反芻動物家畜の育種のためのツールとしてのRMCプロファイルの実施を著しく進めることができる。【JST・京大機械翻訳】

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分子遺伝学一般 , 遺伝学研究法

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