深い生成モデルHydrAMPによる非常に強力な抗菌ペプチドの発見【JST・京大機械翻訳】

Szymczak, P.; Mozejko, M.; Grzegorzek, T.; Jurczak, R.; Bauer, M.; Neubauer, D.; Sikora, K.; Michalski, M.; Sroka, J.; Setny, P.; Kamysz, W.; Szczurek, E.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202216951689120 整理番号：22P0313614

深い生成モデルHydrAMPによる非常に強力な抗菌ペプチドの発見【JST・京大機械翻訳】

Discovering highly potent antimicrobial peptides with deep generative model HydrAMP

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資料名：
発行年： 2023年02月03日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2023年02月03日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

抗菌ペプチドは,抗菌耐性の世界的な健康被害を軽減できる化合物として出現し,ペプチド生成への新規な計算アプローチの必要性を促進する。ここでは,ペプチドの低次元,連続表現を学習し,それらの抗菌特性を捉える条件付き変分オートエンコーダであるHydrAMPを提案した。モデルは,その抗菌条件からペプチドの学習表現を解き,パラメータ制御創造性を利用する。HydrAMPは,制約なしおよびアナログ生成を含む多様なタスクに対して直接最適化される最初のモデルであり,これらのタスクにおいて他のアプローチより優れている。生成されたペプチドのランキングと分子動力学シミュレーションに基づく追加の事前選択手順は,実験的検証速度を増加させた。5つの細菌菌株に関する湿式研究室実験は,不活性ペプチドの6つの類似体と同様に,臨床的に関連するプロトタイプの類似体として生成された9つのペプチドの高い活性を確認した。HydrAMPは多様で強力なペプチドの生成を可能にし,抗菌耐性危機を解決するための段階を作る。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

抗細菌薬の基礎研究 , 生物学的機能

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