RaMP-DB2.0:遺伝子,蛋白質および代謝産物からの生物学的および化学的洞察を導出するための再生知識ベース【JST・京大機械翻訳】

Braisted, J.; Patt, A. C.; TIndall, C.; Eicher, T.; Sheils, T.; Neyra, J.; Spencer, K.; Mathe, E. A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202217424298500 整理番号：22P0312832

RaMP-DB2.0:遺伝子,蛋白質および代謝産物からの生物学的および化学的洞察を導出するための再生知識ベース【JST・京大機械翻訳】

RaMP-DB 2.0: a renovated knowledgebase for deriving biological and chemical insight from genes, proteins, and metabolites

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発行年： 2022年01月21日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月21日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

RaMP-DB2.0は,メタボロームと多染色体データの直接的で包括的な機能的解釈のために設計されたWebインタフェイス,API,関係データベース,およびRパッケージである。2018年における最初の放出以来,RaMP-DB2.0は,拡張幅と機能的および化学的アノテーションの深さによりアップグレードされた。ソースデータベース(Reactome,HMDB,およびWiki経路)からのコンテンツを更新し,代謝産物アノテーションに関連する新しいデータタイプを組み込んだ。RaMP-DB2.0に組み込まれた構造情報は,SMILESストリング,InChIKeysを含む。化学クラスは,ClassyFireとLIPID MAPSから出てきた。したがって,RaMP-DB2.0Rパッケージを更新し,経路,共通反応,オントロジー,化学クラス,および化学構造に関する質問をサポートした。さらに,RaMP-DB2.0は,経路と化学クラスに関する濃縮分析を支持した。また,資源にわたる注釈を統合するための著者らのプロセスは,調和の負担を少なくするためにアップグレードされ,その結果,より頻繁な更新をサポートする。RaMP-DB2.0のすべての成分を構築するために用いたコードは,https://github.com/ncats/ramp dbとhttps://github.com/ncats/RaMP BackendでGitHubに自由に利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , ドキュメンテーション

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