遺伝子機能アノテーションに関連したmiRNA濃縮分析におけるBias【JST・京大機械翻訳】

Zagganas, K.; Georgakilas, G. K.; Vergoulis, T.; Skiadopoulos, S.; Dalamagas, T.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202217536846534 整理番号：21P0263797

遺伝子機能アノテーションに関連したmiRNA濃縮分析におけるBias【JST・京大機械翻訳】

Bias in miRNA enrichment analysis related to gene functional annotations

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発行年： 2022年02月02日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月02日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

【背景】miRNA機能的濃縮は,どの生物学的機能がmiRNAのグループによって影響を受けるか,または,調節不全miRNAのリストが病気状態と関連するかどうかを確認するために用いられる分析の型である。機能的濃縮分析のための標準法は,p値を生成するために超幾何分布を使用し,miRNAのグループと生物学的機能の間の会合の強さを描写する。しかし,2015年には,このアプローチがターゲット予測アルゴリズムによって生成されたmiRNAターゲットに関連するバイアスに悩まされ,新しいランダム化試験がこの問題を緩和するために提案された。【結果】遺伝子アノテーションデータセットに影響する他の未報告の根底にあるバイアスの存在を示す。さらに,確立されたランダム化試験に用いる統計的測度は,それを説明するのに十分な感度ではないことを示した。この文脈において,Jaccard係数(代替統計的尺度)の使用は前述の課題を軽減することができることを示す。結論:本論文では,miRNA機能濃縮分析に影響する新しいバイアスの存在を示す。このバイアスは,miRNAの機能的濃縮分析に不適当なFishersの正確な試験をし,それに応じて確立された不偏試験を調整する必要がある。確立した試験の修正版の使用を提案し,その使用を促進するために,提案した方法を実装する新しい不偏miRNA濃縮解析ツールを導入した。同時に,ビットベクトルを活用することによって,著者らのツールは高速でスケーラブルな実行を保証する。本論文を通して実験に用いたアベイラビリティAllデータセットは,Zenodo(https://doi.org/10.5281/zenodo.5175819)でオープンにアクセスできる。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現

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