癌RNA配列決定のためのT細胞受容体レパートリープロファイリング法の厳密なベンチマーキング【JST・京大機械翻訳】

Peng, K.; Nowicki, T. S.; Campbell, K.; Peng, D.; Nagareddy, A.; Huang, Y.-N.; Karlsberg, A.; Miller, Z.; Brito, J.; Pak, V. M.; Abedalthagafi, M. S.; Burkhardt, A. M.; Alachkar, H.; Ribas, A.; Mangul, S.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202217659967727 整理番号：22P0326704

癌RNA配列決定のためのT細胞受容体レパートリープロファイリング法の厳密なベンチマーキング【JST・京大機械翻訳】

Rigorous benchmarking of T cell receptor repertoire profiling methods for cancer RNA sequencing

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発行年： 2022年03月31日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月31日
JST資料番号： O7002B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

患者試料からのT細胞受容体(TCR)配列を同定し,追跡する能力は,癌研究および免疫療法の分野の中心になっている。特異的腫瘍抗原を標的とするTCRを発現する遺伝子操作T細胞の追跡は,これらの細胞の持続性を決定し,腫瘍応答を定量化するのに重要である。T細胞受容体レパートリーをプロファイルする利用可能なハイスループット法は,一般的にTCR配列決定(TCR-Seq)と呼ばれる。しかし,利用可能なTCR-SeqデータはRNA配列決定(RNA-Seq)と比較して限られている。本論文では,T細胞豊富および不良組織型の両方を含む4つの癌コホートにわたって19のバルクRNA-Seqサンプルを調べることにより,TCRレパートリーをプロファイルするRNA-Seqベースの方法の能力を評価した。金標準として標的TCR-Seqを用いた既存のRNA-Seqに基づくレパートリープロファイリング法の包括的評価を行った。また,RNA-Seqアプローチが適切であり,TCR-Seqアプローチに匹敵する精度を提供できるシナリオも強調した。著者らの結果は,RNA-Seqに基づく方法がクロノタイプを効果的に捕捉し,TCRレパートリーの多様性を推定でき,またT細胞リッチ組織およびモノクローナルレパートリーにおけるクロノタイプの相対的頻度を提供することを示した。しかし,RNA-Seqに基づくTCRプロファイリング法は,特にT細胞不良組織のポリクローナルレパートリーにおいて,T細胞不良組織での限られた力を有する。著者らのベンチマークの結果は,TCR-Seqにより提供される限られた情報を超えるトランスクリプトミクス変化へのより広い知識を提供するので,癌患者の免疫レパートリースクリーニングにRNA-Seqを組み込むための付加的魅力的議論を提供する。【JST・京大機械翻訳】

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, 【Automatic Indexing@JST】

遺伝学研究法 , 細胞膜の受容体

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