SpaTalkによる空間分解トランスクリプトームデータのための知識グラフベース細胞-セル通信推論【JST・京大機械翻訳】

Shao, X.; Li, C.; Yang, H.; Lu, X.; Liao, J.; Qian, J.; Wang, K.; Cheng, J.; Yang, P.; Chen, H.; Xu, X.; Fan, X.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202217714715503 整理番号：22P0334368

SpaTalkによる空間分解トランスクリプトームデータのための知識グラフベース細胞-セル通信推論【JST・京大機械翻訳】

Knowledge-graph-based cell-cell communication inference for spatially resolved transcriptomic data with SpaTalk

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発行年： 2022年04月13日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月13日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

空間分解トランスクリプトミクス(ST)は,無傷の器官における空間構造の解明および組織ホメオスタシス,発生および疾患を仲介する空間的に分解された細胞-細胞コミュニケーションに対する空間における遺伝的情報を提供する。STデータからの空間的に分解された細胞-細胞通信の推論を容易にするために,ここではグラフネットワークと知識グラフに依存するSpaTalkを提示し,空間近位細胞間のリガンド-受容体-標的シグナル伝達ネットワークをモデル化してスコア化し,単一細胞RNA配列とSTデータ間の非負線形モデルと空間マッピングによりSTデータから分解した。公開単一セルSTデータセットでベンチマークしたSpaTalkの性能は既存のセル-セル通信推論法より優れていた。次に,SpaTalkをSTARマップ,Slide-seqおよび10X Visiumデータに適用し,空間構造を有する正常および疾患組織の基礎となる詳細なコミュニケーション機構を明らかにした。SpaTalkは単一細胞及びスポットベースSTデータに対する空間分解細胞-細胞通信を普遍的に解明し,空間細胞間動力学への新しい洞察を与えた。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 分子・遺伝情報処理

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