長鎖ポリヌクレオチド断片の連続ゲノム多様化は新たなSARS-CoV-2変異体の出現を促進する【JST・京大機械翻訳】

Murugadoss, K.; Niesen, M. J.; Raghunathan, B.; Lenehan, P. J.; Ghosh, P.; Feener, T.; Anand, P.; Simsek, S.; Suratekar, R.; Hughes, T. K.; Soundararajan, V.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202217979539014 整理番号：22P0033814

長鎖ポリヌクレオチド断片の連続ゲノム多様化は新たなSARS-CoV-2変異体の出現を促進する【JST・京大機械翻訳】

Continuous genomic diversification of long polynucleotide fragments drives the emergence of new SARS-CoV-2 variants of concern

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著者 (11件)： , , , , , , , , , ,
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発行年： 2022年01月06日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月06日
JST資料番号： O7002B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

高度に伝染性または免疫回避性のSARS-CoV-2変異体は,間欠的に出現し,以前に循環する菌株を除外し,ワクチン接種された個人における反復COVID-19サージ,再感染,およびブレークスルー感染をもたらした。過去2年間にわたってグローバルに配列決定された5百万以上のSARS-CoV-2ゲノムにより,競合的ウイルス進化が適合SARS-CoV-2変異体の出現をもたらすかを解読する前例のないデータがある。Spike蛋白質における特異的変異が抗体によるACE2受容体またはウイルス中和へのその結合にいかに影響するかを研究するのに多くの注意が払われてきたが,主に逐次優性変異体により共有されるゲノムシグネチャの知識は限られている。ここでは,SARS-CoV-2配列を構成する種々の長さのポリヌクレオチドフラグメント(https://academia.nferx.com/GENIで自由に利用できる)のゲノムワイド特異性を定量化する方法論を紹介した。標準系統発生距離測定基準および全変異負荷と比較して,特徴的9merポリヌクレオチドの定量化は,VOCs(Reference=89,IQR:65~108;α=166,IQR:150~182,β130,IQR:113~14;γ=165,IQR:152~180;Delta=234,IQR:216~253;およびOmicron=294,IQR:287~315)の間の分離のより高い分解能を提供した。ミクロンの例外的に高いゲノム特異性は,以前のVOCs(デルタを含む)と最近出現した高度に変異したB.1.640.2(IHU)系統の両方に対して競合的な利点を与える可能性がある。この分析に基づいて,GISAIDで注釈された1,363系統に対する系統内9マー保存により重み付けされたゲノム特異性の評価は,ゲノムの特異性が時間(R2=0.37)で増加し,VOCsスコアが現代の非VOC系統より顕著に高く,今までに観測された最も特徴的な系統の中でOmicronがあることを明らかにした。本研究は,それらのゲノムワイドポリヌクレオチド特異性による新しいSARS-CoV-2変異体の特性化の価値を示し,Spike蛋白質上の既知の機能的または抗原的に突出した部位での変異の狭いセットを超える必要性を強調する。以前のVOCsと比較して,各出現VOCの一貫して高い特異性は,ゲノム特異性のリアルタイムモニタリングがウイルス適応のより迅速な評価を助けることを示唆する。【JST・京大機械翻訳】

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ウイルスの生化学

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