Genarris 2.0:分子結晶のためのランダム構造ジェネレータ【JST・京大機械翻訳】

Tom Rithwik; Rose Timothy; Bier Imanuel; O'Brien Harriet; Vazquez-Mayagoitia Alvaro; Marom Noa

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202217987165573 整理番号：22P0077859

Genarris 2.0:分子結晶のためのランダム構造ジェネレータ【JST・京大機械翻訳】

Genarris 2.0: A Random Structure Generator for Molecular Crystals

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発行年： 2019年09月23日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2019年09月23日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

Genarrisは,シード結晶構造予測アルゴリズムおよび訓練機械学習モデルのための物理的制約を有するランダム分子結晶構造を生成するためのオープンソースPythonパッケージである。ここでは,いくつかの主要な改良を含むコードの新しいバージョンを提示した。MPIベース並列化方式を実装し,ユーザ定義ワークフローのシームレス逐次実行を容易にした。単一分子構造に基づく単位セル体積を推定する新しい方法を,実験構造で訓練された機械学習モデルを用いて開発した。特別なWyckoff位置を占める分子を有する結晶構造を生成するために新しいアルゴリズムを実行した。新しい階層構造チェック手順を開発し,非物理的近接接触を効率的かつ正確に検出した。新しい分子間距離設定を強い水素結合のために実行した。これらの新しい特徴を実証するために,ベンゼンとグリシンの2つの特定ケースを研究した。すべての多形に対して,最終プールは,実験構造,または類似の格子定数,対称性,および充填モチーフを有する構造を含んだ。【JST・京大機械翻訳】

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高分子の物性一般 , 分子の電子構造 , 分子・遺伝情報処理 , 分子の幾何学的構造一般 , 液晶一般

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