成人ヒトの異なる組織における2型糖尿病と関連した高摂動遺伝子およびハブ遺伝子:バイオインフォマティクス解析ワークフロー【JST・京大機械翻訳】

De Silva, K.; Demmer, R. T.; Jonsson, D.; Mousa, A.; Forbes, A.; Enticott, J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202218135651591 整理番号：22P0314659

成人ヒトの異なる組織における2型糖尿病と関連した高摂動遺伝子およびハブ遺伝子:バイオインフォマティクス解析ワークフロー【JST・京大機械翻訳】

Highly perturbed genes and hub genes associated with type 2 diabetes in different tissues of adult humans: A bioinformatics analytic workflow

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発行年： 2022年02月10日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月10日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

導入型2型糖尿病(T2D)は,完全には解明されていない複雑な病因を有する。T2Dの遺伝子摂動とハブ遺伝子の同定は,個人化ケアを支援する可能性がある。目的:広範なワークフローを介して,成人ヒトの異なる組織におけるT2Dに関連する高度に混乱した遺伝子およびハブ遺伝子を同定することを目的とした。【方法】ワークフローは,5つの連続したステップから成った:NCBI GEOデータベースの系統的レビュー;差次的発現遺伝子(DEG)の同定と分類;メタ分析による高度摂動遺伝子の同定;ネットワーク分析によるハブ遺伝子の同定;下流分析。3つのメタアナリシス戦略:ランダム効果モデル(REM);投票計数法(VC);p値結合アプローチ(CA)を適用した。ネットワークにおける平均性,近接性,および程度を有するノードをハブ遺伝子として定義した。下流分析は遺伝子オントロジー,遺伝子およびゲノム経路,メタボロミクス,COVID-19関連遺伝子および遺伝子型-Tissue発現プロファイルを含む。【結果】27の適格マイクロアレイの解析は,4つの組織型内で6284のDEG(4592の下方制御と1692の上方制御された)を同定した。組織特異的遺伝子発現は組織非特異的(遮光)遺伝子発現よりも有意に大きかった。DEGのMeta分析は,REM,VCおよびCAを介してそれぞれ49,27および8の高度に摂動された遺伝子を同定し,79の高度に混乱した(41の下方制御および38の上方制御された)遺伝子のコンパイルされたセットを生成した。28のハブ遺伝子は,13の上方制御,9つの下方制御,および6つの予測遺伝子から成った。下流分析は,他の糖尿病表現型を持つ共有遺伝子の濃縮を同定した;インシュリン合成と作用関連経路とメタボロミクス;アポトーシスと免疫関連経路,COVID-19関連遺伝子セットとの機構的関連;およびT2Dのマーカー遺伝子の過剰発現および過小発現を示す細胞型。結論:著者らは,T2Dの高度に混乱した遺伝子とハブ遺伝子を同定し,他の糖尿病表現型とCOVID-19とのそれらの関連,ならびにインシュリン,免疫,およびアポトーシスに関連するそれらのような病態生理学的徴候を明らかにした。提案したパイプラインのより広い有用性を予想する。【JST・京大機械翻訳】

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代謝異常・栄養性疾患一般

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