イントロン分岐点を破壊するヒト変異体のゲノムワイド検出【JST・京大機械翻訳】

Zhang, P.; Philippot, Q.; Ren, W.; Lei, W.-T.; Li, J.; Stenson, P. D.; Palacin, P. S.; Colobran, R.; Boisson, B.; Zhang, S.-Y.; Puel, A.; Pan-Hammarstroem, Q.; Zhang, Q.; Cooper, D. N.; Abel, L.; Casanova, J.-L.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202218204422656 整理番号：22P0334812

イントロン分岐点を破壊するヒト変異体のゲノムワイド検出【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide detection of human variants that disrupt intronic branchpoints

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資料名：
発行年： 2022年04月18日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月18日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

プレmRNAスプライシングは,スプライスソーム要素によるBPモチーフ内の単一ヌクレオチドイントロン分岐点(BP)の認識により開始される。44のヒト遺伝子における56のまれな変異体が,BPを破壊することによってスプライシングを変化させ,病気を引き起こすことが報告されている。しかし,これまで,次世代シークエンシング(NGS)データでそのような変異体を効率的に検出するためには,計算アプローチが利用できない。既存のBPデータを統合し,Lariat脱分枝酵素DBR1変異患者のRNA-seqから新しいBPデータを生成し,機械学習予測から,包括的ヒトゲノムワイドBPデータベースを確立した。著者らは,主要およびマイナーイントロンにおけるBPの多重特徴を詳細に特徴づけ,BPおよびBP-2(BPの2ヌクレオチド上流)位置が,イントロンバックグラウンドよりヒト集団およびより高い進化的保存におけるより低い変化率を示し,一方,エキソンバックグラウンドに匹敵することを見出した。NGSデータのBP認識を混乱させる可能性のあるイントロン変異体を系統的かつ効率的に検出するゲノムワイド計算アプローチとしてBPHunterを開発した。BPHunterは,BP変異候補を優先する戦略を要約する56の既知病原性BP変異の48を同定し,残りの8つは,おそらく誤スプライシングの理由であるBPと受容体部位の間のAGジヌクレオチドを創製する。重要なCOVID-19肺炎患者におけるSTAT2の新規生殖系列ヘテロ接合性BP変異体およびリンパ腫患者におけるITPKBの新規体細胞イントロン59ヌクレオチド欠失を同定するために,BPHunterの有用性を前向きに実証し,両者は実験的に検証した。BPHunterはhttps://hgidsoft.rockefeller.edu/BPHunterとhttps://github.com/casanova lab/BPHunterから公開されている。【JST・京大機械翻訳】

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, , 【Automatic Indexing@JST】

分子遺伝学一般 , 遺伝的変異 , 先天性疾患・奇形一般 , 遺伝子発現 , 遺伝子の構造と化学

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