がんにおける体細胞突然変異の影響を説明するコンピュータ癌インタラクトーム【JST・京大機械翻訳】

Zhang, J.; Pei, J.; Durham, J.; Bos, T.; Cong, Q.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202218279461320 整理番号：22P0313074

がんにおける体細胞突然変異の影響を説明するコンピュータ癌インタラクトーム【JST・京大機械翻訳】

Computed cancer interactome explains the effects of somatic mutations in cancers

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発行年： 2022年07月30日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年07月30日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)はほとんど全ての必須の細胞過程に関与する。PPIネットワークの摂動は腫瘍形成,癌進行および転移において重要な役割を果たす。多数の高スループット実験はPPIsのための膨大な量のデータを生み出したが,これらのデータセットは高い偽陽性率に悩まされ,高度な不一致を示す。蛋白質対間のアミノ酸位置の共進化は,相互作用蛋白質の同定およびアルファFold(AF)のような深い学習法の助けと相互作用界面の構造の詳細を提供するのに有用であることが証明されている。本研究では,AFを適用して癌蛋白質-蛋白質相互作用を調べた。転写調節,シグナル伝達,DNA修復及び細胞周期のような多様な細胞過程に関与する癌ドライバー蛋白質に対する1,798PPIを予測した。以前の3D構造情報を欠く,予測された2成分蛋白質複合体,1,087の空間構造をモデル化した。著者らの予測は,MAPキナーゼカスケードおよびFanconi貧血経路のような多くの癌関連プロセスへの新しい構造的洞察を提供する。さらに,癌における体細胞ミスセンス変異(SMM)を予測PPI界面へマッピングし,濃縮と枯渇分析を行うことで,癌変異景観を調べた。SMMで濃縮または枯渇した界面は,機能的カテゴリーに対して異なる選好を示した。変異に富む界面は癌で脱調節される経路で機能する傾向があり,それらは患者における癌の分子機構の説明を助ける可能性がある;変異を欠く界面は,癌細胞の生存に必須であり,従って,PPI調節薬に対する将来の標的である可能性がある。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 蛋白質・ペプチド一般

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