モチーフ:ハイスループット配列決定データセットの構文解析ツールと転写因子結合部位の定量的比較分析【JST・京大機械翻訳】

Khan, S.; Bhattacharjee, A. S.; Badhe, P.; Dongaonkar, C.; Gaglani, Y.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202218320816181 整理番号：22P0326393

モチーフ:ハイスループット配列決定データセットの構文解析ツールと転写因子結合部位の定量的比較分析【JST・京大機械翻訳】

Motifizer: a tool for parsing high-throughput sequencing datasets and quantitative comparative analyses of transcription factor-binding sites

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発行年： 2022年06月01日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年06月01日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

【背景】トランスクリプトミクスデータ(RNA-seq)と組み合わせたクロマチン免疫沈降とそれに続く大規模並列配列決定(ChIP-seq)の比較研究は,与えられた生物学的状況における転写因子によって制御される遺伝子調節ネットワークに重要な洞察を提供することができる。そのような情報を生成するために個別に設置し実行する必要がある複数のプログラムが存在するが,ドッキングコンテナを用いて,様々な計算プロセスを1つのパッケージに組み合わせる低システム要求のユーザフレンドリーなツールは不足している。【結果】本研究では,ChIP-SeqおよびRNA-seqデータセットを処理するためのオープンソースツールを用いる,Motifizzerと呼ばれるユーザインタラクティブ,インフラストラクチャ独立計算パイプラインを提示した。モチーフは,ChIPとRNA-seqデータセットに関するピーク呼出し,de-novoモチーフ分析,および差次的遺伝子発現分析を実行する,生入力データの広範囲な分析を実行する。さらに,モチファイザーは,ユーザ定義ゲノム領域における転写因子結合部位の分析と定量的比較に使用できる。モチファイザは,また,パラメータの容易な添加および/または変化を可能にし,それによって,工具の汎用性に追加できる。【結論】Motifizzerツールは,ChIP-seqとRNA-seqデータ構文をインストールして実行するためにドックコンテナシステムを使用するツールを使用するのが容易である。モチーフの解析モジュールを用いて,遺伝子調節ネットワークに関与する推定標的を同定した。モチーフは大規模ユーザベースによりアクセスでき,ユーザによるプログラミングスキルを必要としない。モチーフは,リポジトリ(https://github.com/abhikbhattacharjee/Motifizer)から局所的に設置できる。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理

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