前例のない感度での多重単一細胞プロテオミクス試料調製のための自動ワークフロー【JST・京大機械翻訳】

Ctortecka, C.; Hartlmayr, D.; Seth, A.; Mendjan, S.; Tourniaire, G.; Mechtler, K.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202218520123962 整理番号：21P0251362

前例のない感度での多重単一細胞プロテオミクス試料調製のための自動ワークフロー【JST・京大機械翻訳】

An automated workflow for multiplexed single-cell proteomics sample preparation at unprecedented sensitivity.

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発行年： 2022年02月02日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月02日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

単細胞プロテオームの解析は,最近,トランスクリプトミクスおよびゲノム研究の実行可能な補体になっている。蛋白質は細胞機能の主要な駆動因子であり,mRNAレベルはしばしばそのような非信頼性の指標である。したがって,プロテオームの全体的な解析は細胞同一性を研究するために必須である。単細胞解像度による多重及び無標識質量分析に基づくアプローチは,推定均一細胞集団に対する驚くべき不均一性を遅らせた。特別な実験計画と計装は顕著な進歩を示したが,単一細胞の効率的な試料調製はまだ遅れている。ここでは,驚くべき感度とスループットで単一細胞プロテオミクス試料調製のための普遍的な選択肢であるプロテオCHIPを紹介した。単細胞分離とピコリットル調剤を組み合わせた市販システムを用いた自動化処理,セルエンONE(R)は,最終試料体積をヘキサデカン層に浸漬し,同時に誤差傾向のある手動サンプル取扱いを除去し,蒸発を克服する。特化したプロテオCHIP設計は標準オートサンプラーによる単一細胞の直接注入を可能にし,キャリアプロテオームを還元または除去しながら,顕著なレポーターイオンシグナルでの分析ラン当たり約1500の蛋白質グループをもたらした。2つの高度に類似したヒト細胞型から170の多重単一細胞にわたって2600の蛋白質を同定した。この専用の無損失ワークフローは,in vitro共分化型細胞タイプを150個の単一細胞を横断する標識マーカーに基づく自己組織化心臓オルガノイドの区別を可能にする。詳細な特性化は心筋細胞における心臓内皮細胞とサルコメア組織の細胞運動の増強を明らかにした。この多目的で自動化された試料調製は,容易に適応できるだけでなく,単一細胞プロテオミクスの生物学的応用の駆動にも十分に敏感である。【JST・京大機械翻訳】

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, 【Automatic Indexing@JST】

細胞生理一般 , 遺伝子発現 , 遺伝学研究法

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