AlphaFold2由来の特徴を用いたミスセンス変異体の病原性の予測【JST・京大機械翻訳】

Schmidt, A.; Roener, S.; Mai, K.; Klinkhammer, H.; Kircher, M.; Ludwig, K. U.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202218531200616 整理番号：22P0317231

AlphaFold2由来の特徴を用いたミスセンス変異体の病原性の予測【JST・京大機械翻訳】

Predicting the pathogenicity of missense variants using features derived from AlphaFold2

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (6件)： , , , , ,
資料名：
発行年： 2022年03月05日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月05日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

各個々のゲノムは複数のミスセンス変異体を持ち,ゲノムまたはエキソーム配列決定により系統的に同定できる。このクラスの遺伝的変異は,それぞれの蛋白質の機能特性を変えることができ,それによって癌やメンデル病のような臨床的に関連する表現型をもたらす。計算予測スコアの進歩にもかかわらず,臨床的に有意または良性としてのミスセンス変異体の分類は,大きな課題である。最近,ヒトプロテオームの構造は人工知能システムアルファFold2を用いて前例のない精度で誘導された。しかし,アルファFold2構造がミスセンス変異体に対する計算病原性予測の精度を改善できるかどうかの疑問は不明なままである。これに対処するために,これらの構造から各アミノ酸に対する一連の特徴を最初に設計した。次に,ランダムフォレストを訓練し,gnomAD由来のプロキシ-良性とプロキシ-病原性ミスセンス変異体を識別した。これは,AlphScoreと呼ばれる新しいアルファFold2に基づく病原性予測スコアをもたらした。AlphScoreによって使用される重要な特徴クラスは,溶媒アクセシビリティ,アミノ酸ネットワーク関連特徴,物理化学的環境を記述する特徴,およびアルファFold2s品質パラメータ(pLDDT)である。AlphScore単独は,CADDまたはREVELのような既存のスコアより低い性能を示した。しかし,AlphScoreをそれらのスコアに加えると,ClinVarデータベースからのエキスパート-発生ミスセンス変異体の予測と同様に,深い突然変異スキャンデータの近似によって測定されるように,性能は常に増加した。全体として,著者らのデータは,アルファFold2予測構造の統合がミスセンス変異体の病原性予測を改善できることを示す。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , , , ,
, , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学

, ,

前のページに戻る