EMoMiS:蛋白質構造におけるエピトープに基づく分子模倣探索のためのパイプラインとSARS-CoV-2への応用【JST・京大機械翻訳】

Stebliankin, V.; Baral, P.; Balbin, C.; Nunez-Castilla, J.; Sobhan, M.; Cickovski, T.; Mondal, A. M.; Siltberg-Liberles, J.; Chapagain, P.; Mathee, K.; Narasimhan, G.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202218765468370 整理番号：22P0314500

EMoMiS:蛋白質構造におけるエピトープに基づく分子模倣探索のためのパイプラインとSARS-CoV-2への応用【JST・京大機械翻訳】

EMoMiS: A Pipeline for Epitope-based Molecular Mimicry Search in Protein Structures with Applications to SARS-CoV-2

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資料名：
発行年： 2022年02月08日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月08日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

構造的および化学的類似性により2つの異なる抗原と抗体交差反応を行うと,モチベーションEpitopeに基づく分子模倣が起こる。2つのウイルスからの蛋白質間の分子模倣は,1つへの曝露によって産生された抗体が他のものと反応するとき,有益な交差防御をもたらすことができる。一方,病原体とヒト蛋白質からの蛋白質間の模倣は,宿主蛋白質と相互作用するウイルスの曝露から生じる抗体が,自己免疫障害を導くことができる。交差防御は,他の病原体のために開発されたワクチンの可能な再利用を示唆することができるが,宿主蛋白質との交差反応は副作用を説明するかもしれない。抗体交差反応性の大規模探索のために今日まで利用可能な計算ツールはない。【結果】コンピュータ分子模倣探索のための包括的Epitopeベースの分子Mimicry検索(EMoMiS)パイプラインを提示する。SARS-CoV-2スパイク蛋白質に適用した場合,EMoMiSはウイルス及びヒト蛋白質による分子模倣の8例を同定した。これらの知見は,(a)事前ワクチン接種による交差防御に起因するCOVID-19の差次的重症度および/または他のウイルスへの曝露,および(b)血小板減少症および血小板減少症のような通常見られるCOVID-19副作用に対する可能な説明を提供する。著者らの知見は以前に報告した研究で支持されたが,実験室実験での検証が必要である。開発したパイプラインは一般的であり,新しい病原体の模倣物を見つけるのに適用できる。それはワクチン設計の改善に応用されている。開発したEpitopeベースの分子Mimicry探索Pipeline(EMoMiS)はhttps://biorg.cs.fiu.edu/emomis/から利用可能である。接触gi@cs.fiu.edu.【JST・京大機械翻訳】

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ウイルスの生化学

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