Meta分析の微細マッピングは単一バリアント分解能で較正される【JST・京大機械翻訳】

Kanai, M.; Elzur, R.; Zhou, W.; Global Biobank Meta-analysis Initiative,; Daly, M. J.; Finucane, H. K.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202218782196936 整理番号：22P0321617

Meta分析の微細マッピングは単一バリアント分解能で較正される【JST・京大機械翻訳】

Meta-analysis fine-mapping is often miscalibrated at single-variant resolution

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発行年： 2022年08月22日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年08月22日
JST資料番号： O7002B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

Meta分析は,複数のゲノムワイド関連研究(GWAS)をより強力な全体に組み合わせるのに広く使用されている。因果的変異体を解決するため,メタ解析研究は,それらが単一コホート研究に適用されるので,一般的に要約統計ベースの微細マッピング法を適用する。しかし,各コホートの不均一特性(例えば,祖先,サンプルサイズ,表現型決定,遺伝子型決定,または帰属)が,微細マッピングキャリブレーションと想起に影響するかどうかは不明である。ここでは,まず,メタ解析微細マッピングが,異なる遺伝子型決定アレイまたはインピュテーションパネルを含む場合,シミュレーションにおいて実質的に誤較正されることを示した。これらの問題を緩和するために,著者らは,祖先適合局所LD構造に基づく連想統計における異常値を検出することによって,メタ解析微細マッピングのための疑わしい遺伝子座を同定する,要約統計量ベースのQC法,SLALOMを提案する。シミュレーションおよびGWAS CatalogにおけるSLALOM性能の検証により,著者らは,グローバルバイオバンクMeta分析イニシアティブからの14の疾患エンドポイントに適用し,そして,遺伝子座の67%が,質問微細マッピング精度に呼ぶ疑わしいパターンを示すことを見出した。これらの予測された疑わしい遺伝子座は,リード変異体(2.7x;フィッシャーの正確P=7.3x10-4)として,非同義変異体のような因果的変異体を持つために有意に枯渇した。個々のバイオバンクにおける微細マッピング結果と比較して,GBMIメタ解析における微細マッピング改善の限られた証拠を見出した。完全解はコホート全体にわたる完全な同期を必要とするが,この手法はメタ解析微細マッピングにおける偽結果を同定する。メタアナリシスから微細マッピング結果を解釈するとき,著者らは極端な注意を喚起した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝学研究法 , 分子・遺伝情報処理

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