光子計数データをオープンソース光子HDF5ファイルフォーマットに変換するためのユーザフレンドリーなツール【JST・京大機械翻訳】

Ferschweiler Donald; Segal Maya; Weiss Shimon; Michalet Xavier

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202219172226465 整理番号：22P0306829

光子計数データをオープンソース光子HDF5ファイルフォーマットに変換するためのユーザフレンドリーなツール【JST・京大機械翻訳】

A user-friendly tool to convert photon counting data to the open-source Photon-HDF5 file format

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発行年： 2022年03月18日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月18日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

光子-HDF5は,データ交換を単純化し,データ解析の再現性を高めるために,単一分子顕微鏡実験から光子計数データを保存するためのオープンソースとオープンファイルフォーマットである。Photn-HDF5生態系の一部が,Photn-HDF5ファイルに独占的フォーマットを変換できる拡張可能なpythonライブラリである。しかし,その利用には,コマンドライン命令,pythonプログラミング言語,およびYAMLマークアップフォーマットによるいくつかの習熟を必要とする。これは,専門知識なしに潜在的ユーザにとって大きな障壁を生成するが,オープンフォーマットでファイルを解放する利点から利益を得る。本研究では,この障壁を低下させるGUIを提示し,その結果,光子-HDF5の使用を単純化する。このツールは,オリジナルデータフォーマットで最初に保存されるデータファイルを,コードの単一ラインを書き込むことのないユーザなしで,光n-HDF5ファイルに変換するために,フコンバートピトンライブラリを使用する。再現性のある解析は,レーザパワーやサンプル記述のような本質的な実験情報に依存するので,GUIは,任意のYAMLを書き込むことなく,変換ファイルと有効なメタデータを結合するための(電流制限)機能性も含む。最後に,GUIは,全直接バッチ変換および故障バッチの再実行能力のようないくつかの生産性向上特性を含み,以前のランで変換できないファイルを変換するだけであった。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理

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