ロングおよびショートリードによるホワイトフィッシュの若い種ペア(Coregonus sp.)のゲノム集合,構造変異体および遺伝的分化【JST・京大機械翻訳】

M&eacuterot, C.; Stenl&oslashkk, K. S. R.; Venney, C.; Laporte, M.; Moser, M.; Normandeau, E.; &Agravernyasi, M.; Kent, M.; Rougeux, C.; Flynn, J. M.; Lien, S.; Bernatchez, L.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202219322123767 整理番号：22P0032691

ロングおよびショートリードによるホワイトフィッシュの若い種ペア(Coregonus sp.)のゲノム集合,構造変異体および遺伝的分化【JST・京大機械翻訳】

Genome assembly, structural variants, and genetic differentiation between Lake Whitefish young species pairs (Coregonus sp.) with long and short reads

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資料名：
発行年： 2022年03月25日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月25日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

生態学的に分化した種の香り対は,種分化の遺伝子構造において,より良いglimpseを得る機会を提供する。特に興味深いのは,長距離配列決定技術のおかげで,単一ヌクレオチド多型(SNPs)だけでなく,より広い範囲のゲノム変異体を考慮する最近の能力である。ここでは,挿入,欠失および他の再配列のような構造変異体(SV)を同定でき,種分化に異なる型の変異体がどのように関与するかの遺伝学的構造への更なる洞察を可能にする。ここでは,白魚(Coregonus clupeaformis)種複合体に属する同所性種対(Dwarfと正常)間の分化のゲノムパターンを調べた。C.clupeaformis sp.に対する最初の参照ゲノムを組み立てた。正常およびC.clupeaformis sp.Dwarfは,転移可能な要素を注釈付けし,関連するコアゴノイド種の光におけるゲノムを分析した。次に,著者らは,ゲノムグラフアプローチを用いて,SVsと遺伝子型を個体群スケールで特徴づけるために,長読と短読取配列の組合せを使用して,SVsがSNPより5倍多くのゲノムをカバーすることを示した。次に,2つの異なる湖における種分化の遺伝的構造を調査するために,SNPとSVsの両方を統合し,分化の共有外れ値の過剰を強調した。特に,2つの種を分化するSVの大きな画分は,転移可能な要素(TEs)の挿入または欠失に対応し,TE蓄積がDwarfと正常種の間の遺伝的分岐の鍵となる構成要素であるかもしれないことを示唆する。これらの結果から,SVはスペシエーションにおいて重要な役割を果たし,第2及び第3世代シークエンシングを組み合わせることにより,SVをスペシエーションゲノムに統合する能力を持つことを示唆した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 遺伝的変異 , 分子・遺伝情報処理

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