プラスミド抱合率の推定:新しい計算ツールと方法の批判的比較【JST・京大機械翻訳】

Huisman, J. S.; Benz, F.; Duxbury, S. J. N.; de Visser, J. A. G. M.; Hall, A. R.; Fischer, E. A. J.; Bonhoeffer, S.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202219404547530 整理番号：21P0236715

プラスミド抱合率の推定:新しい計算ツールと方法の批判的比較【JST・京大機械翻訳】

Estimating plasmid conjugation rates: a new computational tool and a critical comparison of methods

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発行年： 2022年01月17日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月17日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

プラスミドは,細菌の多様な集団間の遺伝子の広がりのための重要なベクターである。しかし,共役により水平に広がる速度を決定する標準法は存在しない。ここでは,シミュレーションおよび実験データで一般的に使用される方法を比較し,得られた共役速度推定は,測定時間,初期個体群密度,またはレシピエント集団に対するドナーの初期比に強く依存することを示した。亜致死性抗生物質濃度または温度により誘導される増殖速度の違いは,共役速度推定も有意にバイアスした。共役速度を推定する新しいエンドポイント尺度を導出し,これは,ドナーとトランスコンジュガントからの個体群成長と共役速度の違いの影響を含む,よく知られたSimonsen法を拡張した。さらに,これらの近似が有効なパラメータ範囲の解析的表現を導いた。共役速度を推定するために,新しく既存の方法の両方を実行するRパッケージとWebインタフェイスを使用するのが容易である。結果は,プラスミド共役率の正確で同等の測定に対する一連のツールとガイドラインである。実験データC_LIO_LIWから共役速度を推定するためのRパッケージとShiney appは,共役速度C_LIO_LIWを推定するのに用いた既存の測度の多様性を浮き彫りにし,ドナーまたはトランスコンジュゲートC_LIO_LIWからの異なる成長および共役速度を有する個体群に対してバイアスが偏っていることを示し,成長および共役速度C_LIのそのような違いを説明する新しいエンドポイント尺度を開発した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

個体群生態学 , 微生物生理一般 , 微生物感染の生理と病原性

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