低バイオマスマイクロバイオーム研究におけるシグナルとノイズの識別のための生態学ベース解析アプローチの適用:全肺組織は,マウス肺微生物叢のアンプリコンベース特性化のための優先サンプリング法である【JST・京大機械翻訳】

Baker, J. M.; Hinkle, K. J.; McDonald, R. A.; Falkowski, N. R.; Huffnagle, G. B.; Dickson, R. P.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202219442554010 整理番号：22P0247228

低バイオマスマイクロバイオーム研究におけるシグナルとノイズの識別のための生態学ベース解析アプローチの適用:全肺組織は,マウス肺微生物叢のアンプリコンベース特性化のための優先サンプリング法である【JST・京大機械翻訳】

Application of an ecology-based analytic approach to discriminate signal and noise in low-biomass microbiome studies: whole lung tissue is the preferred sampling method for amplicon-based characterization of murine lung microbiota

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発行年： 2020年09月08日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年09月08日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

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【背景】Low-バイオマスミクロビオーム研究(肺,胎盤および皮膚のような)は,汚染および配列決定確率に脆弱であり,それは,正当な微生物シグナルを不明瞭にする。低バイオマスミクロビオーム分野は,同定された微生物叢の現実と臨床的重要性を確立するのに多様な成功を持つので,著者らは低バイオマスミクロビオーム研究におけるノイズからシグナルを識別するための分析手法を開発し,応用することを試みた。このアプローチを用いて,マウス肺ミクロビオーム研究における最適サンプリング戦略を決定し,将来の機構的肺ミクロビオーム研究に必須である。【方法】新規,生態学ベースの分析的アプローチを使用して,著者らは2つの一般的サンプリングアプローチによって採取した健康な成体マウスの肺からの細菌DNAを比較した:均質化した全肺組織と気管支肺胞洗浄(BAL)液。液滴デジタルPCRを用いて細菌DNAを定量し,16S rRNA遺伝子配列を用いて細菌群集を特性化し,両試料タイプにおける細菌DNAの量と同一性を系統的に評価した。肺検体で検出される細菌を互いに,また潜在的発生源コミュニティ:陰性(バックグラウンド)対照試料および対経口試料と比較した。結果:全ての測定,マウスにおける全肺組織は,BAL液より,より大きな細菌シグナルと汚染のより少ない証拠を含んだ。BAL液と比較して,全肺組織は,潜在的汚染源群集と比較して,細菌DNAの量が多く,異なる群集組成,試料対試料変動の減少,およびより大きな生物学的利用性を示した。対照的に,BAL液で検出された細菌は,手順,試薬,および配列決定対照のそれらとは最小であった。解釈An生態学に基づく分析法は,低バイオマスミクロビオーム研究におけるノイズからシグナルを識別し,マウス肺ミクロビオーム研究のための好ましい試料タイプとして全肺組織を同定する。負の対照試料および隣接する生物部位を含む潜在的発生源コミュニティの配列決定,分析,および報告は,試料タイプに依存しない低バイオマスミクロビオーム研究の生物学的解釈にとって重要である。健康研究所。【JST・京大機械翻訳】

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微生物の生態 , 分子遺伝学一般 , 呼吸器の疾患 , 遺伝子の構造と化学

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