Coffea spp.におけるNLR耐性遺伝子の全ゲノム同定,特性化及び比較解析【JST・京大機械翻訳】

Santos, M. d. L.; de Resende, M. L. V.; Alves, G. S. C.; Huguet-Tapia, J. C.; de Resende, M. F. R.; Brawner, J. T.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202219458487797 整理番号：22P0314248

Coffea spp.におけるNLR耐性遺伝子の全ゲノム同定,特性化及び比較解析【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide identification, characterization, and comparative analysis of NLR resistance genes in Coffea spp.

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発行年： 2022年02月07日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月07日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

植物における耐病性遺伝子の最大ファミリーはヌクレオチド結合部位ロイシンリッチ反復遺伝子(NLR)である。これらの遺伝子の産物は植物病原体の病原性蛋白質(Avr)の認識と特異的防御応答の誘発に関与する。標準遺伝子アノテーションソフトウェアによる植物ゲノムにおけるNLRの同定は,それらの多ドメイン特性,配列多様性,およびクラスタ化ゲノム分布のために挑戦的である。3つのコーヒー種(Coffea canephora,Coffea eugenioidesおよびそれらの種間雑種Coffea arabica)におけるNLR遺伝子座のゲノムワイドスキャンおよび比較分析の結果を示した。合計1311の非冗長NLR遺伝子座をC.arabicaで同定し,C.canephoraで927,C.eugenioidesで1079を同定し,そのうち809,562,および695はそれぞれ完全な遺伝子座であった。本研究で使用したNLR-注釈ツールは,非常に高い感度と特異性(99%以上)を示し,参照コーヒーゲノムにおける推定NLRの検出を増加させた。コーヒーのNLR遺伝子座は,すべての染色体間で分布し,大部分がクラスターで組織化されている。C.arabicaゲノムは,親ゲノム(C.canephoraおよびC.eugenioides)の和と比較して,NLR遺伝子座の数が少なかった。コーヒー,トマト,ジャガイモ,および参照NLRの間に共有されるオルソロガスNLR(オルソグループ)があり,これらのオルソグループの機能性および進化的歴史に関する手がかりを提供するコーヒー種の間でのみ共有されている。系統解析は,C.arabicaと親のゲノムの間で共有されるオルソロガスNLRと,おそらく失われたものを示した。コーヒーのNLRファミリーメンバーは,TIR-NLR(TNL)と非TNLの2つの主なグループに細分される。非TNLはコーヒーで重要な耐性遺伝子のレパートリーを表すようである。これらの結果は機能的研究を支持し,耐病性コーヒー品種育種のためのこれらの遺伝子のより精密な使用に寄与するであろう。【JST・京大機械翻訳】

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植物生理学一般 , 分子遺伝学一般

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