US-align:蛋白質,核酸および高分子複合体の普遍的構造アラインメント【JST・京大機械翻訳】

ZHANG, C.; Shine, M.; Pyle, A. M.; Zhang, Y.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202219514493312 整理番号：22P0334781

US-align:蛋白質,核酸および高分子複合体の普遍的構造アラインメント【JST・京大機械翻訳】

US-align: Universal Structure Alignments of Proteins, Nucleic Acids, and Macromolecular Complexes

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発行年： 2022年04月18日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月18日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

構造比較とアラインメントは構造生物学研究において基本的に重要である。異なる高分子(蛋白質,RNA,およびDNA)の単量体と複雑な構造を均一に整列させるために,初めての普遍的なプラットフォームであるUS-alignを開発した。パイプラインを,発見的アラインメント探索アルゴリズムと結合した均一TMスコア目的関数上に構築した。大規模ベンチマークは,異なる分子のペアワイズおよび多重構造アラインメントにおいて,US-alignの最先端の方法に関する顕著な利点を実証した。詳細な解析は,US-alignの主要な優位性が,効率的な発見的探索反復によって駆動される統一目的関数の広範囲な最適化にあり,構造アラインメントプロセスの精度と速度を著しく改善することを示した。一方,異なる分子および構造型を融合する普遍的なプロトコルは,不均一オリゴマ構造比較および鋳型ベースの蛋白質-蛋白質および蛋白質-RNA/DNAドッキングを促進する。【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理

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