転位因子アトラスの構築はブタの遺伝子調節,遺伝的多様性および複雑な形質における若いSINEの広範な役割を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Zhao, P.; Gu, L.; Gao, Y.; Pan, Z.; Liu, L.; Li, X.; Zhou, H.; Yu, D.; Han, X.; Qian, L.; Liu, G. E.; Fang, L.; Wang, Z.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202219643112511 整理番号：22P0314654

転位因子アトラスの構築はブタの遺伝子調節,遺伝的多様性および複雑な形質における若いSINEの広範な役割を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Building an atlas of transposable elements reveals the extensive roles of young SINE in gene regulation, genetic diversity, and complex traits in pigs

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発行年： 2022年02月10日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月10日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

転移性要素(TEs)は,遺伝子多型の広範な源であり,クロマチン構造,転写調節ネットワーク,およびゲノム進化において不可欠な役割を果たす。ブタは動物蛋白質の重要な供給源であり,ヒトのための生体医療モデルとして機能するが,ブタにおけるTEの機能的役割と複雑な形質へのそれらの寄与は,ほとんど未知である。ここでは,新しく開発したパイプラインによりブタにおけるTEs(n=3,087,92)の包括的なカタログを構築した。21の組織からマルチオミクスデータを統合することにより,異なる年齢のSINEが組織にわたって異なる機能を持つゲノム領域と有意に関連していることを見出した。若いSINEの大部分は,ヒストン修飾,DNAメチル化,および接近性の減少により,主にサイレンシングされた。しかし,残りの活性若いSINEに由来する転写産物の発現は,79の組織および細胞型から3,570のRNA-seqを交差検査することにより,強い組織特異性を示した。さらに,374個体のゲノムワイドで211,067多型SINE(polySINE)を検出し,それらがブタにおける集団混合物の既知パターンを明確に再現することを見出した。それらの内,340の集団特異的ポリSINEは局所適応と関連していた。これらのポリSINEをブタにおける97の複雑な形質のゲノムワイド関連にマッピングし,TEsにより媒介される可能性のある54の候補遺伝子(例えばANK2とVRTN)を見出した。著者らの知見は,機能的ゲノミクスにおける若いSINEの重要な役割を強調し,ブタにおける遺伝子型対表現型関連および現代の育種のためのサプリメントを提供する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

進化論一般 , 遺伝子の構造と化学 , 遺伝子発現

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