SARS-CoV-2RNAの迅速検出のための一段階単一管逆転写ループ媒介等温増幅アッセイの検証【JST・京大機械翻訳】

Lee, J. Y.; Best, N.; McAuley, J. L.; Porter, J.; Seemann, T.; Schultz, M. B.; Sait, M.; Orlando, N.; Mercoulia, K.; Ballard, S. A.; Druce, J.; Tran, T.; Catton, M.; Pryor, M. J.; Cui, H. L.; Luttick, A.; McDonald, S.; Greenhalgh, A.; Kwong, J. C.; Sherry, N. L.; Graham, M.; Hoang, T.; Herisse, M.; Pidot, S. J.; Williamson, D. A.; Howden, B. P.; Monk, I. R.; Stinear, T. P.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202219697455104 整理番号：22P0233174

SARS-CoV-2RNAの迅速検出のための一段階単一管逆転写ループ媒介等温増幅アッセイの検証【JST・京大機械翻訳】

Validation of a Single-step, Single-tube Reverse Transcription-Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay for Rapid Detection of SARS-CoV-2 RNA

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資料名：
発行年： 2020年04月30日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年04月30日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

2.2020年のSARS-CoV-2パンデミックは,ウイルス検出に必要なRNA抽出キットと酵素に対する非平行要求をもたらし,世界的な不足をもたらした。これは,サプライチェーン問題を軽減するための代替診断オプションの探索を必要とする。【目的】鼻咽頭スワブからのSARS-CoV-2検出のための逆転写ループ媒介等温増幅(RT-LAMP)アッセイを確立し,検証する。【方法】著者らは,SARS-CoV-2ヌクレオカプシド(N)遺伝子のCDC N1領域を検出するために設計したプライマーセットと組み合わせたOptiGen社からの市販RT-LAMPマスターミックスを使用した。単一チューブ,一段階蛍光アッセイを行い,鼻咽頭スワブから直接1Lの汎用輸送媒体(UTM)を鋳型として用い,RNA精製の必要性を迂回した。増幅と検出は,65{度}Cを30分間保持し,1分間隔でFAMチャネルで蛍光を測定することができる任意の熱サイクル装置において実施できた。【結果】E遺伝子RT-qPCRによって以前にスクリーニングした157の臨床標本の評価による検査評価は,それぞれ87%と100%の検査感度と特異性を明らかにした。結果は14分(SD{+/-}7分)の93の臨床試料で平均時間対陽性(Tp)で迅速であった。UTMにスパイクしたSARS-CoV-2ウイルスの希釈を用いて,緊急使用診断の実施のためのFDAガイドラインに対するアッセイ性能を評価し,良好なアッセイ感度と特異性で,54の組織培養感染用量50/ml(TCID50mL-1)の検出限界を確立した。4つの研究室の間の20の臨床標本の比較は,優れた研究室間一致を示した。3つの異なる,一般的に使用されているサーモサイクラーに等しく良く実行して,アッセイのロバスト性を示した。結論:簡易ワークフローにより,N1-STOP-LAMPは,SARS-CoV-2の特異的な迅速な検出と,COVID-19.3に対する診断腕の付加的資源に対する,強力でスケーラブルな選択肢である。データ要約は,すべての支援データを確認し,コードとプロトコルを論文内または補足データファイルを通して提供した。【JST・京大機械翻訳】

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微生物検査法

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