マウスゲノムの三重螺旋ポテンシャル【JST・京大機械翻訳】

Maekawa, K.; Yamada, S.; Sharma, R.; Chauduri, J.; Keeney, S.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202219755276622 整理番号：22P0031382

マウスゲノムの三重螺旋ポテンシャル【JST・京大機械翻訳】

Triple-helix potential of the mouse genome

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発行年： 2022年01月01日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月01日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

鏡面対称ポリピリミジン/ポリプリンランを含むある種のDNA配列は,H-DNAと呼ばれる三重螺旋含有非B型DNA構造に折畳みできる。このようなH-DNA形成配列は哺乳類を含む多くの真核生物ゲノムにおいて高頻度であり,これらのモチーフは変異原性であり,ゲノム機能のDNA複製,転写および他の側面に衝突する。本研究では,マウスゲノムにおけるH-DNAモチーフの三重形成能を,一本鎖DNA(ssDNA)特異的ヌクレアーゼS1を用いたS1-配列決定(S1-seq)を用いて評価し,ゲノム全体にわたるssDNAの位置を報告する深い配列ライブラリーを生成することを示した。S1-seqをマウス精巣細胞及び脾臓B細胞から分離したゲノムDNAに適用した場合,H-DNAモチーフと一致する内因性二本鎖切断に非依存性であると思われるS1-seq読取の顕著なクラスターを観察し,モチーフの三重形成能と強く相関した。S1-seq読取の微細スケールパターンは,ピリミジン含有鎖上の中心位置読取りに有利な顕著な鎖非対称性を含み,このS1-seqシグナルがH-DNAの4つの可能な異性体(H-y5)の1つに特異的であることを示唆した。マウスゲノムを横断して自然発生H-DNAモチーフの豊度と複雑性をレバレッジすることにより,ポリピリミジン反復長と反復中断置換の存在がH-DNAの構造をどのように修飾するかをさらに明らかにした。本研究は,高い空間分解能でDNA二次構造ゲノムワイドを研究するための新しいアプローチを提供する。【JST・京大機械翻訳】

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分子遺伝学一般 , 遺伝子発現 , 核酸一般 , 遺伝子の構造と化学

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