情報ベース次元縮小による単一細胞不均一性の回復【JST・京大機械翻訳】

DeMeo, B. H.; Berger, B.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202219940501519 整理番号：21P0242021

情報ベース次元縮小による単一細胞不均一性の回復【JST・京大機械翻訳】

Recovering Single-cell Heterogeneity through Information-based Dimensionality Reduction

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発行年： 2022年01月17日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月17日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

次元縮小は,下流解析に対する単一細胞データセットの複雑なトランスクリプトーム景観を要約するのに重要である。しかしながら,現在の次元縮小アプローチは,より小で,より下位に定義された集団を犠牲にして,多くの遺伝子によって定義される大きな細胞集団に好都合である。ここでは,次元縮小のためのサープリルの情報理論的概念を利用する技法であるサープリサル成分分析(SCA)を提示し,既存のパイプラインを用いて区別できない臨床的に重要な母集団の表現を改善する能力を実証した。例えば,細胞毒性T細胞データにおいて,SCAはγ-デルタとMAIT細胞亜集団を清潔に分離し,PCA,ICA,scVI,または広範囲の特殊化希少細胞回収ツールにより検出できない。また,PCAの代わりに用いた場合,SCAはmRNAドロップアウトをより正確に回復させ,重要な遺伝子-遺伝子関係を回復するために下流刺激を改善することを示した。SCAs情報理論的パラダイムは,健康と疾患における複雑な生体組織の研究への広い応用によって,より意味のある信号抽出へのドアを開いた。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

細胞生理一般 , 遺伝子発現

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