指根ショウガ(Boesenbergia rotunda)におけるフラボノイドとフェニルプロパノイド生合成経路のゲノム集合と解析【JST・京大機械翻訳】

Taheri, S.; Teo, C. H.; Heslop-Harrison, J.; Schwarzacher, T.; Tan, Y. S.; Wee, W. Y.; Khalid, N.; Biswas, M. K.; Mutha, N. V. R.; Mohd-Yusof, Y.; Gan, H. M.; Harikrishna, J. A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202219976522156 整理番号：22P0351737

指根ショウガ(Boesenbergia rotunda)におけるフラボノイドとフェニルプロパノイド生合成経路のゲノム集合と解析【JST・京大機械翻訳】

Genome assembly and analysis of the flavonoid and phenylpropanoid biosynthetic pathways in Fingerroot ginger (Boesenbergia rotunda)

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発行年： 2022年05月11日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年05月11日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

Boesenbergia rotunda(Zingiberaceae)は,東南アジアの高価値の料理および民族植物である。このハーブの根茎は高いフラバノンとカルコン含量を持つ。ここでは,ハイブリッド集合として完全なゲノム配列と共にB.rotundaのゲノム解析を報告する。B.rotundaは,12.386MbのN50サイズを有する27,491コンティグとして組み立てられた2.4Gbの推定ゲノムサイズを有した。高度ヘテロ接合性ゲノムは71,072蛋白質コード遺伝子をコードし,集合ゲノムの[ ̄]67%を占めるクラスI TEを持つ72%の反復含量を持つ。中期の18の染色体対の蛍光In Situハイブリダイゼーションは,45S rDNAの6つの部位と5S rDNAの2つの部位を示した。SSR分析は,関連種間で共通する49のSSRマーカーを有する238,441gSSRと4,604EST-SSRを同定した。ゲノムワイドメチル化率は,胚形成カルスにおいて,葉において73%CpG,36%CHGおよび34%CHHから53%CpG,18%CHGおよび25%CHHの範囲であった。パンズラチンA生合成単一遺伝子は,水様カルスで最も高度に発現した。Brotundaは,高いヘテロ接合性とTE含有量を有する比較的大きいゲノムを持つ。このアセンブリーとデータ(PRJNA71294)は,B.rotundaの機能的ゲノミクス,ショウガ植物ファミリーの進化,およびショウガの潜在的遺伝的選択または改良に関するさらなる研究の源から成る。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子の構造と化学

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