FastRemap:ゲノムアセンブリ間のリードを迅速に再マッピングするためのツール【JST・京大機械翻訳】

Kim Jeremie S.; Firtina Can; Cavlak Meryem Banu; Cali Damla Senol; Alkan Can; Mutlu Onur

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202220129714977 整理番号：22P0275415

FastRemap:ゲノムアセンブリ間のリードを迅速に再マッピングするためのツール【JST・京大機械翻訳】

FastRemap: A Tool for Quickly Remapping Reads between Genome Assemblies

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発行年： 2022年01月17日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年09月04日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

ゲノム読取データセットは,1つの参照から他の類似基準(例えば,2つの参照バージョンまたは2つの類似種の間で)から,通常使用されるクロスMapツールを用いて,他の類似基準(例えば,2つの参照バージョンまたは2つの類似種)から,迅速かつ効率的に再マッピングできる。利用可能なゲノムデータセットと参照の爆発により,高性能再マッピングツールはゲノムアセンブリと解析の計算機要求で維持するためにさらに重要である。ゲノムアセンブリ間の再マッピングのための高速かつ効率的なツールであるFastRemapを提供した。FastRemapは,最高7.82×高速化(平均で6.47×,平均)を示し,最先端の再マッピングツール(クロスMap)と比較して,ピークメモリ消費の平均61.7%(80.7%,平均)を使用した。FastRemapはC++で書かれた。ソースコードとユーザマニュアルは,github.com/CMU-SAFARI/FastRemapで自由に利用可能である。Docker画像はhttps://hub.docker.com/r/alkanlab/fastで利用できる。また,https://anaconda.org/bioconda/fastremap bioでBiocondaで利用できる。【JST・京大機械翻訳】

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, , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 遺伝子の構造と化学

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