新規Mycobacterium avium subsp. hominissuis系統におけるユニークなゲノム配列はブタ運動中の微細スケール伝達経路追跡を可能にする【JST・京大機械翻訳】

Komatsu, T.; Ohya, K.; Ota, A.; Nishiuchi, Y.; Yano, H.; Matsuo, K.; Odoi, J. O.; Suganuma, S.; Sawai, K.; Hasebe, A.; Asai, T.; Yanai, T.; Fukushi, H.; Wada, T.; Yoshida, S.; Arikawa, K.; Ito, T.; Kawai, M.; Ato, M.; Baughn, A. D.; Iwamoto, T.; MARUYAMA, F.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202220339798413 整理番号：22P0326487

新規Mycobacterium avium subsp. hominissuis系統におけるユニークなゲノム配列はブタ運動中の微細スケール伝達経路追跡を可能にする【JST・京大機械翻訳】

Unique genomic sequences in a novel Mycobacterium avium subsp. hominissuis lineage enable fine scale transmission route tracing during pig movement

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発行年： 2023年05月02日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2023年05月02日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

Mycobacterium avium subsp.hominissuis(MAH)は,ヒトおよび動物において非結核性マイコバクテリア症を引き起こす最も一般的なマイコバクテリアの1つである。注目すべきことに,MAHはブタ集団におけるマイコバクテリア肉芽腫性腸間膜リンパ節炎発生の主な原因である。ブタ農場におけるMAHの感染の正確な源を決定し,ブタ,ヒトおよび環境MAH系統間の疫学的関係を明らかにするため,日本で飼育されたブタから50のMAH分離株を収集し,30の分離株のドラフトゲノム配列を決定した。可変数のタンデム反復分析は,日本におけるほとんどのブタMAH分離株が北アメリカ,ヨーロッパおよびロシアのヒト分離株に密接に関連しているが,東アジア人および住宅環境からのそれらとは関連しないことを明らかにした。歴史的組換え分析は,ほとんどのブタ分離株がSC2/4およびSC3に分類され,ブタ,ヨーロッパ人および環境分離株から分離したMAHを含むことを明らかにした。SC2/4の分離株の半分は,東アジアのヒトから分離したMAH系統と多くの組換え事象があった。驚いたことに,4つの分離株は,全体的MAH個体群における新しい系統(SC5)に属した。SC5のメンバーはゲノムにおける系統間組換えのフットプリントがほとんどなく,80のユニークな遺伝子を持ち,その多くは系統特異的ゲノム島に位置した。ユニークな遺伝的特徴を用いて,それらの宿主ブタを介して推定伝達経路を追跡することができた。まとめると,局所適応に加えてMAHの種特異性の可能性を明らかにした。著者らの結果は,MAHの2つの伝達経路,環境からのブタ農場への1つの曝露,およびブタ移動による他の経路を強調する。さらに,本研究は,MAHが遺伝的に異なるとしても,ブタにおけるMAHの進化が患者とその住宅環境からのMAHによって影響を受けることを警告する。ブタ(n=50)から分離したMycobacterium avium subsp.hominissuis(MAH)のタンデム反復分析の,高光O_LIVariable数を実施した。MAHのC_LIO_LIDドラフトゲノム配列(n=30)とゲノム解析を行った。C_LIO_LIPig MAHは東アジアのヒト分離株から遺伝的に遠く,西欧諸国のそれらに近かった。ブタ移動により農場を伝達するC_LIO_LINovel MAH系統を見出した。C_LIO_LIHuman MAH分離株はブタ分離株の進化に影響した。C_LI_LI。【JST・京大機械翻訳】

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