GeneVector  相互情報により定義される高密度ベクトル表現を用いた転写プログラムの同定【JST・京大機械翻訳】

Ceglia, N.; Sethna, Z.; Freeman, S. S.; Uhlitz, F.; Bojilova, V.; Rusk, N.; Burman, B.; Chow, A.; Salehi, S.; Kabeer, F.; Aparicio, S. H.; Greenbaum, B. D.; Shah, S. P.; McPherson, A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202220522067460 整理番号：22P0338948

GeneVector 相互情報により定義される高密度ベクトル表現を用いた転写プログラムの同定【JST・京大機械翻訳】

GeneVector: Identification of transcriptional programs using dense vector representations defined by mutual information.

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発行年： 2023年01月18日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2023年01月18日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

細胞特異的転写過程からの個々の細胞表現型の解読は,高次元単一細胞RNA配列決定を必要とする。しかし,現在の次元縮小法は,遺伝子間に存在する関係を直接測定することなく,細胞全体に疎な遺伝子情報を集約する。遺伝子共発現に関して次元縮小を行うことによって,低次元特徴は,これらの遺伝子特異的関係をモデル化して,スパース性を克服するために共有信号を活用することができる。遺伝子発現間の相互情報を用いてベクトル空間モデルとして実装された次元縮小のためのスケーラブルフレームワークであるGeneVectorについて述べた。主成分分析と変分オートエンコーダを含む他の方法と異なり,GeneVectorは,転写プログラムを同定し,細胞型を分類するために,低次元遺伝子埋込みにおける潜在空間演算を使用する。本研究では,4つの単一細胞RNA-seqデータセットにおいて,GeneVectorが表現型特異的経路を捕捉し,バッチ効果補正,相互作用的注釈細胞タイプを遂行し,時間にわたる処理による経路変化を同定することを示した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 遺伝子発現

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