抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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質量平行レポーターアッセイは,ゲノムワイド規模で転写を駆動する推定遺伝子調節要素の能力を試験する。ほとんどの遺伝子調節活性は,アクセス可能なクロマチン内で生じ,最近報告された方法は,アクセス可能なDNA(ATAC-STARR-seq)の調節能を選択的に分析するため,自己転写活性調節領域配列決定(STARR-seq)を用いたトランスポザーゼアクセスクロマチンのアッセイのようなこれらの領域を捕捉する分析を組み合わせた。ここでは,ATAC-STAR-seqを用いた1つのアッセイで,調節活性,クロマチンアクセシビリティおよび転写因子(TF)占有率を定量化する多染色体アプローチを報告する。ATAC-STARR-seqアッセイ設計およびワークフローへの重要な更新を含む著者らの戦略は,ヒトリンパ芽球細胞における[ ̄]50百万のユニークなDNA断片タイリング[ ̄]101,000のアクセス可能なクロマチン領域の高分解能試験を可能にした。すべてのアクセス可能な領域の30%が活性化因子,サイレンサーまたは両方を含むことを発見した。活性化因子およびサイレンサーは,TFモチーフのユニークなセットを豊富にし,ヒストン修飾の特異的組み合わせによりマークされる異なる官能基を表すことを示した。ATAC-STARRライブラリーにより保持されたTn5切断部位を用いて,クロマチン免疫沈降データによって支持された特異的TFフットプリントの存在により,TFフットプリント化を行い,これらのグループを層化した。異なるTFフットプリントの組み合わせでクラスター化された活性化剤とサイレンサーは,異なる遺伝子調節経路で濃縮され,ヒトリンパ芽球細胞機能の異なる遺伝子調節ネットワークを示すことを見出した。まとめると,これらのデータはATAC-STARR-seqの多面的能力を強調し,単一DNAフラグメント源からヒトゲノムの調節景観を包括的に調査する。【JST・京大機械翻訳】
