CRISPRに基づくサンプル枯渇とメタゲノムシークエンシングを採用する普遍的日ゼロ感染症試験戦略【JST・京大機械翻訳】

Chan, A. P.; Siddique, A.; Desplat, Y.; Choi, Y.; Ranganathan, S.; Choudhary, K. S.; Diaz, J.; Bezney, J.; DeAscanis, D.; George, Z.; Wong, S.; Selleck, W.; Bowers, J.; Zismann, V.; Reining, L.; Highlander, S.; Hakak, Y.; Brown, K.; Armstrong, J.; Schork, N. J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202220978422955 整理番号：22P0352309

CRISPRに基づくサンプル枯渇とメタゲノムシークエンシングを採用する普遍的日ゼロ感染症試験戦略【JST・京大機械翻訳】

A Universal Day Zero Infectious Disease Testing Strategy Leveraging CRISPR-based Sample Depletion and Metagenomic Sequencing

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資料名：
発行年： 2022年05月16日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年05月16日
JST資料番号： O7002B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

高感染性SARS-CoV-2病原体を検出する準備の欠如は,COVID-19疾患の原因となる病原体であり,公衆衛生と経済に大きな害を引き起こした。米国の疾病管理センター(CDC)により開発されたSARS-CoV-2感染に対する最初の逆転写定量的ポリメラーゼ連鎖反応(RT-qPCR)試験に対して60日を要した。そして,この試験の800,000を,1日につき6百万以上の試験を必要とする推定実際の試験を必要とするとき,これらの試験の800,000を配備するために,>270日を要した。したがって,試験は,症状のある個人,または確認された陽性症例との密接な接触に限られていた。”Day Zero”,すなわち,最初の報告事例の時間における集団規模で展開された試験戦略は,有意な値である。次世代シークエンシング(NGS)は,広い大規模試験の可能性を有するそのようなDay Zero能力を持っている。しかし,それは存在する可能性がある病原体の低コピー数に対する検出感度が限られている。ここでは,CRISPR-Cas9を用いて病原体検出に寄与しない豊富な配列を除去するため,COVID-19のNGS検出感度はRT-qPCRに匹敵することを示した。さらに,このアッセイが,既存のオープンソース分析パイプラインを用いた単一ワークフローにおいて,変異型菌株タイピング,共感染検出,および個々のヒト宿主応答評価に使用できることを示した。このNGSワークフローは病原体診断であり,従って,大規模パンデミック応答と集中臨床感染症試験の両方が将来どのように追求されるかを変換する可能性を有する。【JST・京大機械翻訳】

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感染症・寄生虫症一般 , 動物用医薬品 , 細菌による動物の伝染病

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