蛋白質キナーゼオントロジーを用いた暗キナーゼアノテーション,マイニングおよび可視化【JST・京大機械翻訳】

Soleymani, S.; Gravel, N.; Huang, L.-C.; Yeung, W.; Bozorgi, E.; Bendzunas, N. G.; Kochut, K. J.; Kannan, N.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202221010337993 整理番号：22P0316467

蛋白質キナーゼオントロジーを用いた暗キナーゼアノテーション,マイニングおよび可視化【JST・京大機械翻訳】

Dark kinase annotation, mining and visualization using the Protein Kinase Ontology

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発行年： 2022年03月01日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月01日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

蛋白質キナーゼオントロジー(ProKinO)は,蛋白質キナーゼ配列,構造,機能および疾患をヒトおよび機械可読形式で連結する複雑な関係を概念化する統合知識グラフである。ここでは,キナーゼリガンド結合部位,発現パターン,および機能的特徴に関する情報を捉える新しいクラスと関係を含む発見ツールとしてProKinOの範囲を拡張し,蛋白質キナーゼファミリーの研究されたメンバーに関する新たな知識を明らかにするその応用を示す。特に,グラフマイニングと集合SPARQLクエリを通して,著者らは,急性骨髄性白血病における非承認役割を含む,多発性癌における異常発現を有するヒト癌における最も頻繁に変異した暗キナーゼの1つとして,p21活性化プロテインキナーゼ5(PAK5)を同定した。PAK5活性化ループにおける再発性発癌変異を同定し,基質結合とリン酸化を変化させ,PAKファミリーキナーゼにおける共通リガンド/薬物結合残基を同定し,薬物発見におけるProKinOの潜在的応用を強調した。最新のオントロジーブラウザとWebコンポーネントProtVistaは,3D構造とアルファフォールドモデルにおけるキナーゼ配列アノテーションのインタラクティブマイニングを可能にするProtVistaが,シグナル伝達コミュニティのための貴重な資源を提供する。最新のProKinOデータベースはhttp://prokino.uga.edu/browser/でアクセス可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 酵素一般

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