正確な溶媒和,イオン結合および水交換特性を有するOPC水に対するマグネシウム力場:SPC/Eからの成功した移動【JST・京大機械翻訳】

Grotz, K. K.; Schwierz, N.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202221059610237 整理番号：22P0029144

正確な溶媒和,イオン結合および水交換特性を有するOPC水に対するマグネシウム力場:SPC/Eからの成功した移動【JST・京大機械翻訳】

Magnesium Force Fields for OPC Water with Accurate Solvation, Ion-Binding, and Water-Exchange Properties: Successful Transfer from SPC/E

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発行年： 2022年02月02日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月02日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

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マグネシウムは,多様な生物学的プロセスにおいて重要な役割を果たす。分子動力学シミュレーションによりそのようなプロセスをモデル化するため,研究者はMg ̄2+と水に対する正確な力場パラメータに依存する。OPCは,水中の生体分子の改善された記述を与える最も有望な水モデルの一つである。本研究の目的は,OPC水と組み合わせた正確なシミュレーション結果をもたらすMg ̄2+に対する力場パラメータを提供することである。以前に異なる水モデルで最適化された12の異なるMg ̄2+パラメータセットを用いて,著者らは,種々の実験特性に基づくOPCへの移動可能性を系統的に評価した。結果は,SPC/EのMg ̄2+パラメータがOPCに移動可能であり,実験溶媒和自由エネルギー,最初の水和殻の半径,配位数,活性誘導体,およびRNA上のリン酸塩酸素に対する結合親和性を密接に再現することを示した。2つの最適パラメータセットを提示した:マイクロMgは,実験と一致するマイクロ秒時間スケールでのOPCにおける水交換をもたらした。ナノMgはナノ秒時間スケールで交換を加速し,増強サンプリング目的のためのイオン結合事象の直接観察を容易にした。【JST・京大機械翻訳】

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電解質水溶液

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