抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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真核生物におけるUV後のDNA修復の集中的な研究にもかかわらず,in vivoでの動力学を定量的に記述するフレームワークはまだ不足している。Saccharomyces cerevisiaeにおける時間にわたるCPD修復動力学を分析するための新しいデータ駆動法を開発した。平均挙動として配列決定信号を考慮する他の研究とは対照的に,著者らは,遺伝子座が損傷から修復へ移行できる独立細胞を表す隠れ軸を導入した。これはKolmogorov-Johnson-Mehl-Avramiモデルの適用を可能にし,全時間プロセスの領域特異的で連続的な表現を見出した。転写速度およびヌクレオソーム密度を含む多様なゲノム特徴に対するk-最近傍アプローチを介してパラメータを相関させた。明確なリンクが遺伝子サイズで見出され,出芽酵母が我々の知識に報告されていない。したがって,このフレームワークは,集団規模での核プロセスの総合的解析を可能にする。Author SummaryAs DNAは,著者らの非常に同一性をコード化し,それは,過去世紀にわたって多くの研究の対象となっている。大きなDNAとRNA試料の迅速な配列決定を可能にする新しい技術の出現は,ゲノムスケールでの未知の機構と相互作用の前にドアを開いた。これは,遺伝子および病変修復の転写を含むいくつかの核過程の詳細な分析につながった。しかし,適用したプロトコルは主に高い時間分解能を許さない。反対に,実験は,数時間にわたってわずかなデータ信号だけをしばしば与えた。時間点間のミッシング動力学は主に無視され,暗黙的には1からもう1つに遷移すると仮定する。ここでは,そのような理解を欠陥化できることを示した。例としてUV誘起DNA損傷の修復プロセスを用いて,3つのパラメータのみによる全時間プロセスの表現を可能にする定量的解析フレームワークを提示した。続いて,それらが他の不均一データセットとどのようにリンクできるかを述べた。その結果,単一時間点よりも全速度過程との相関を評価した。アプローチはDNA修復を用いて例証されているが,損傷および修復のような2つの状態間の状態遷移を表す他の機構および配列決定データに容易に適用することができる。【JST・京大機械翻訳】
