エンドガイドアセンブリによる正確な転写物再構成【JST・京大機械翻訳】

Schon, M. A.; Lutzmayer, S.; Hofmann, F.; Nodine, M. D.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202221181385520 整理番号：22P0032390

エンドガイドアセンブリによる正確な転写物再構成【JST・京大機械翻訳】

Precise Transcript Reconstruction with End-Guided Assembly

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発行年： 2022年01月13日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月13日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

転写イソ型の正確なアノテーションは遺伝子機能を理解するために重要であるが,RNA配列決定(RNA-seq)データから完全長転写物を再構成するための自動化法は不正確である。RNA5′と3′末端の同定と利用に焦点を当てて,異なるRNA-seq技術からのデータを組み込んだ転写アセンブリのためのソフトウェアパッケージであるBookendを開発した。Bookendによる末端誘導集合を通して,転写開始と末端部位の正しいモデリングが正確な転写集合に必須であることを示した。さらに,全長単一細胞RNA-seq(scRNA-seq)データセットに存在する末端標識読取の利用は,単一細胞における転写物集合の精度を劇的に改善することを見出した。最後に,単一マウス胚性幹細胞(mESCs)からのRNA-seqのメタ集合と同様に,Arabidopsisからの短読,長読取,および末端捕獲RNA-seqデータセットにわたるハイブリッド集合は,これらのモデル生物における参照アノテーションに匹敵する品質のエンドツーエンド転写アノテーションを生産できることを示した。Summary StatementBookendは,RNA-seqデータセットに隠されたRNA 5’と3′末端情報を利用する一般化フレームワークであり,単一細胞からのそれらを含むトランスクリプトームを正確に再構成する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理

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