単一細胞トランスクリプトームのマルチレベル細胞および機能的アノテーション【JST・京大機械翻訳】

Mikolajewicz, N.; Brown, K. R.; Moffat, J.; Han, H.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202221383797366 整理番号：22P0318032

単一細胞トランスクリプトームのマルチレベル細胞および機能的アノテーション【JST・京大機械翻訳】

Multi-level cellular and functional annotation of single-cell transcriptomes

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発行年： 2022年03月15日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月15日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

単一細胞RNA配列決定(scRNA-seq)は,単一細胞解像度での細胞集団と遺伝子発現プログラムの質問を可能にする,異種生物学への前例のない洞察を提供する。ここでは,マルチレベル細胞アノテーションとユーザフレンドリーな解析レポートのためのモジュールワークフローを提供する単一セル解析ツール,scPipelineを導入した。scRNA-seqアノテーションを容易にするために導入した新しい方法を含む。(i)共依存性指数(CDI)ベースの微分表現;(ii)マーカー特異性基準を用いたクラスタ分解能最適化;(iii)Mikoスコアリングによるマーカーベースの細胞型アノテーション;(iv)スケールフリー共有最近傍ネットワーク(SSN)解析を用いた遺伝子プログラム発見。scRNA-seqデータセットの多様な収集を用いて,教師なしおよび教師つき手順を検証し,発生および免疫学的scRNA-seqataseの細胞およびトランスクリプトームアノテーションの例示例を提供した。全体として,scPipelineは詳細なscRNA-seq解析のための柔軟な計算フレームワークを提供する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝学研究法 , 生化学的分析法 , 分子・遺伝情報処理 , 細胞学一般 , 遺伝子の構造と化学

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